在场大臣小臣都听不明白朱由崧的意思，只好继续保持沉默，静待朱由崧自己揭露底牌。
就听朱由崧言道：“若首都迁回北京，则朕以为可在承天安陆府设行户部、行度支二部，负责郧阳、湖北、湖南、川东、川西、川南、江西、赣中、赣南、广东、广西、南宁、柳江、黔东、黔西、滇中、滇西等十六道及承天安陆府的税赋征收和支出管理；南京则置南京行度支部，南京行度支部下属报销司、审计司、统计司，负责负责江东、苏常、浙北、浙南、福建、乂安、江北等七道及应天府、凤阳府的报销、审计、统计事务，但江东七道二府的预算和结算仍要上报北京度支部，另外南京作为留都时不设行户部，设行太仆寺，江东七道二府之相关税赋解南京行太仆寺后，七道二府仍要到北京户部入账。”
“再有，南京和承天可置行兵部，两地行兵部会同两地留守司及镇守内臣分别负责江南及西南军务。”朱由崧随后补充道：“承天和南京行兵部不设武选司，另江西三道军务由南京方面负责！此外，留都行部并非是独立王国，处置事务应按月向首都各部报告，必要之账目也应在每年规定时间向首都户部、度支部、兵部报告！”
为了体现留都各行部是首都各部的派出机构，朱由崧又道：“留都行部尚书、侍郎以降部员，品阶较首都各部降一级！”
“若首都乃在南京，”朱由崧越说越顺。“则于奉天河南府设行户部、行度支部和行兵部，负责关中、狭北、汉中、宁夏、陇西、河西、晋南、晋中、代北各道事务及榆林、宁夏、河西、镇羌军务并指挥奉天及固原京营；另在北京设置行兵部，会同北京留守司、北京镇守内臣共同指挥永平、蓟州、顺天、宣镇、大同、万全等地边军。”
当然，真要授权各地留守司指挥方面军务，那么在留守司之下是要设置行参军司的，但这里就不要跟在场众臣说的太详细了。
马士英仔细分析着朱由崧的话，忽然灵光一闪，明白了朱由崧的意思，没错，西北和西南都是财力非常困难的地区，就算其中有少数几个道相对富裕，也是拖带不起来整体的经济和军需的，因此承天或奉天的行户部、行度支部虽然有钱又有（花钱的）权，却是支棱不起地区财政的，或多或少要中央财政补贴，自然也就受到中央的制约了。
而各处留都的行兵部少了最重要的武选司，实际是没办法制约辖区内的驻军的，所以就只能老老实实的作为战区后勤部、监军部存在，同样没可能与首都兵部分庭抗礼。
至于让北京成为留都，那是因为华北长期将是一个需要输入资源的地区，只要南京这边截断了漕运，那么北方即便出现不可控的因素，结局就会跟弘光四年前控制华北的清廷一样，会被巨大的资源需求给拖垮了；而让南京成为留都，一面有西南兵马牵制，一面又掌握不住江东七道二府收上来的钱粮，也是对抗不了中枢权威的。
马士英刚想说“妙”，忽然又想到了一个问题，于是他探问朱由崧道：“若设置两处留都，一旦再出现烈宗毅皇帝故事，该以谁为主，万一各自希慕拥立之功，岂不是要乱套了？”
另一时空，南明在弘光后快速瓦解，就是因为各地野心家蜂起，大家都想着从龙之功，结果同时拥戴了多名皇帝、监国，而这些皇帝和监国又各自不服，由此形成了巨大内耗的缘故，所以朱由崧对此早有预算，当马士英问起，便立刻答道：“两处留都，自然是以居南北京之大臣为主，此当官制中明定，以戒野心之辈。”
马士英和孙传庭、张国维三人对视一眼，觉得问题不大，便应道：“臣等稍后就拟定相关条文。”
说完了留都的事情，朱由崧把话扯回到了地方官制改制上：“各道，应该在巡抚之下，设布政、转运、支度、按察、兵备、营建、提学等使，并设置大理分寺、太仆分寺、太医分署等机构，其中布政使为巡抚副手，但不加都察院衔，继续以巡按监察地方。”
马士英回复道：“臣等的确是这样设想的，不过，各道的衙门设置相当简单，但各府、各直隶州、各散州、各县如何置官就有些不同意见了。”
朱由崧问道：“有那些不同意见！”
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孙传庭接口道：“翰林院的建议是，将府与直隶州合并，统称为州，然后按面积大小、人口多寡、赋税高低分为大上中下四等，将散州和县统称为县，并一样按面积、人口、税赋分为上中下三等，然后州县官员的级别虽然一致，但升迁时需要从下县下州逐级升迁。”
宋之普好不容易抓住机会，插话道：“而臣和铁知州的意思是，依旧保留现有府、直隶州、散州、县的设置，这样也好逐级升迁！”
翰林院显然是从“道”这个一级行政区出发，认为朱由崧又恢复唐代旧制的想法，所以简单粗暴的以“州”、“县”来命名二级行政区和三级行政区，但宋之普等地方官员却认为二百多年来，老百姓已经习惯了“府”、“直隶州”、“散州”、“县”的分别，没必要改来改去。
此外，翰林院