这拥兵不前，敌人怎么能被打败呢？”于是，王镇恶就带着兵马跟沈田子一起出击了。
可沈田子和王镇恶一直不对付，这下更是又气又怕。赫连勃勃就怕王镇恶一个人，听说他们俩不和，就派人到处散布谣言，说王镇恶要杀光南方人，占据关中反叛。沈田子一听，正中下怀，就请王镇恶到营中来商量事情，然后假传刘裕的命令，把王镇恶给宰了。
刘义真和王修听说后，赶紧穿上铠甲，登上城门查看情况。王修一把抓住沈田子，数落他擅自杀人，然后就把他给宰了。
赫连勃勃趁机占领了咸阳，把长安的粮道给断了。刘裕一听这消息，赶紧召刘义真回来，让朱龄石代替他镇守长安。赫连王贵带着三万大军去追刘义真，双方激战了好几天，晋军大败，刘义真侥幸逃脱。赫连勃勃占领了长安，朱龄石想逃回去，结果刚到潼关就被夏军抓住，送到了长安，赫连勃勃也把他给宰了。
这时候，宋公刘裕听到一个谶语，说“昌明之后，尚有二帝”。他就想了个办法，让中书侍郎王韶之和皇帝身边的人密谋，准备杀掉皇帝，立司马德文为帝。德文一直在皇帝身边，王韶之一直找不到机会下手。正好德文生病住在外面，王韶之就趁机用衣服把皇帝勒死在东堂。可怜这安帝，在位二十二年，最后落得这么个下场。
刘裕就假称这是皇帝的遗诏，让皇帝的弟弟琅琊王德文即位，这就是恭帝。刘裕自己也升了官，成了宋王，还搬到了寿阳去住。
刘裕想当皇帝，可又不好意思说出口。于是，他就召集群臣一起喝酒，假装随意地说：“桓玄篡位，晋朝的天下就已经不属于我们了。我倡导义举，恢复晋朝，立下大功，于是得到了九锡之礼。现在我年纪大了，不能一直占着这个位置，我想把爵位还回去，回京城养老。”群臣一听，都愣住了，不知道他葫芦里卖的什么药。
等到酒席散了，中书令傅亮才恍然大悟，跑去跟刘裕说：“我应该回京城一趟。”刘裕一听就明白了，什么也没说。
傅亮出来后，看见一颗流星划过天空，他拍着大腿说：“我以前一直不信天文，现在看来是真的有啊！”
傅亮跑到建康，请刘裕回去辅政。刘裕留下儿子刘义康镇守寿阳，让参军刘湛当长史，处理府里的事情。刘裕到了建康，傅亮就准备好诏书，让皇帝写。皇帝高高兴兴地拿起笔说：“桓玄那个时候，晋朝就已经没有天下了，全靠刘公又延续了将近二十年。今天的事情，我本来也是心甘情愿的。”于是，他就用红纸写了诏书，把皇位让给了刘裕，自己住到了以前的府邸里，只当了两年皇帝。
刘裕就在南郊举行了登基大典，大赦天下，改了年号，国号叫宋。他把恭帝封为零陵王，住在以前的秣陵县，还派兵看着他。后来，刘裕用毒酒让郎中令张伟去毒死恭帝，结果张伟自己喝了毒酒死了。刘裕又让褚淡之找机会下手，让士兵翻墙进去，用被子把恭帝给捂死了。
刘裕还带着百官在朝堂上哭了三天。至此，东晋就灭亡了，从元帝丁丑年开始，到恭帝庚申年结束，一共十一个皇帝，一百四十年。如果把西晋也算上，那就是一百五十六年了。刘裕篡位后，就成了宋高祖武帝。