距离九尾之乱已经过去了半个月，木叶依旧没有完全从这场祸乱中走出去，毕竟九尾当时就出现在城镇中心，那些朝夕相处的邻居、那些牺牲的忍者，无一不让人伤感。但活着的人还要继续向前看，还要背负着死者的期盼继续走下去。
因为宇智波富岳力战九尾，使得他在木叶的声望不断增加，而不知是谁(当然是我们的日向风原哒)传出志村团藏在九尾之乱爆发的时候不保护木叶，反而限制宇智波一族的自由。也因此，民间对团藏的谩骂不断加大。
这天，暗部某个小队有人发现了木叶一处隐秘的实验基地，发现里面正在进行一些被禁止的试验，包括研究初代火影的细胞、进行人体实验等等，而且实验的对象正是木叶的忍者。这队暗部连忙将事情告诉了波风水门，波风水门听到后连忙派人前去调查，发现这居然是大蛇丸和志村团藏两人合力组办的实验室，其实验内容大多都是木叶严令禁止的项目。此事一出，波风水门立马找到了三代火影猿飞日斩。虽然如今三代火影已经退位，但大蛇丸毕竟是三代火影的弟子，志村团藏毕竟是三代火影的队友(过去一个小队的)，所以波风水门认为还是有必要去询问一下三代火影的意见。
当猿飞日斩听到这个消息后脸色变得铁青，用拳头狠狠地敲击着桌子，最后甚至将桌角敲碎，随后告诉波风水门这件事情随他处置。而波风水门得到猿飞日斩的答复后立马派人捉拿志村团藏和大蛇丸。
大蛇丸早已得到风声，已经带着他的一些资料逃离了木叶，成为了一名叛忍，虽然暗部的人也前去抓捕大蛇丸，但都不是他的对手。而志村团藏则和大蛇丸完全不同，虽然他也得到了相关消息，但是他觉得凭借自己和猿飞日斩的关系，自然不会有什么惩罚。如果是原著猿飞日斩当火影的话自然没事，可惜现在火影是波风水门，对于这种残害同村人的事情，波风水门是绝不姑息的。
将团藏关入木叶大牢，随后将他的所作所为公之于众，包括人体实验以及之前在雨之国搜集到的证据。这下民众对他更是恨之入骨，纷纷要求处决掉这个魔头。眼看如今舆论的不对劲，志村团藏的手下在一个天色阴沉的夜晚潜入木叶大牢，将情况告诉了志村团藏，随后在他手下的帮助下，志村团藏逃出了木叶大牢。但这一切都在日向风原的计划之中。
早在抓捕团藏之前，日向风原便告诉波风水门，即使抓住了团藏，也不太好直接处死他，最多罢免他的权利，毕竟团藏曾经也是木叶的英雄，也在战场上立下赫赫战功，所以如果团藏煽动舆论的话，处死他会有一定的影响。但是如果团藏率领手下叛逃就不一样了。对于一个叛忍，处死是再合适不过的了。所以日向风原让波风水门派人在民间放出志村团藏将要被处死的谣言，而团藏的手下得知这一消息后，连忙潜入木叶大牢救走了团藏，而这直接掉入日向风原的陷阱之中。
有一位值班的暗部发现团藏逃出了监牢，连忙将这件事告诉了波风水门，而波风水门听到后当场“大怒”，下令暗部忍者去捉拿团藏等人，最后在木叶附近的森林里找到了团藏，此时的他正在收拾一些关于初代细胞的资料，结果被人抓个正着。反抗无果后，团藏再次被抓了起来。
对于波风水门如此快的反应速度，团藏哪里还不知道自己是中了他的“诡计”，知道自己这下确实是要死了。行刑前，志村团藏的眼中没有愤怒和后悔，只有满满的不甘，说道：“我团藏一辈子为了木叶兢兢业业，到头来居然要死在木叶忍者手上，天命不公啊！”日向风原冷笑一声:“哼，这些都是你咎由自取，你不过是用为了木叶来掩饰你野心膨胀的事实，或许你曾经还是一个满腔热血的少年，但是当扉间大人让三代目继承火影时，你就不再是你了。”
听到这段话，团藏开口道:“小鬼，当你站在一定的高度，想要继续往上爬却发现上山的道路被堵住的时候，你也会变成这样的。我在地下等着你！”说完，团藏自杀了。“哼，那你就慢慢等吧。”日向风原不屑的说道。
团藏死后，日向风原建议将他火化，省的出一些幺蛾子，不过木叶一直是采用土葬的，所以没答应他的请求。
解决完团藏，日向风原觉得之后的木叶应该会进入高速发展阶段了，毕竟少了内乱和权力斗争，木叶的内部会更加稳定。但和平虽然宝贵却不长久，云隐得知九尾之乱的爆发后，趁机对木叶宣战。而木叶虽然经历过九尾之乱，还处在休整阶段，但是面对外敌入侵，当然不会坐以待毙。
由宇智波富岳率领一千木叶大军前往前线参战，由此，木叶——云隐战争爆发了。