这是一个宁静的夜晚，层层的乌云遮住了月色，只有些许光亮从空中洒落。整个木叶都显得格外安静，百姓们也察觉到了紧张的氛围，纷纷闭门不出。
在一处结界中，一位红发女子正在分娩，而不远处，一位黄发男子正在焦急的等待着。终于，随着一阵婴儿的啼哭声，男子悬挂的心彻底放下。望着妻子和孩子平安无事，他的心里也洋溢着幸福的喜悦。
突然，一道黑影凭空出现，趁着波风水门放松警惕之时夺走了他的孩子，并且威胁道:“四代火影，离人柱力远点，不然我就杀了你的儿子。”这个人正是宇智波带土。见波风水门没有照他说的做，宇智波带土将起爆符贴在鸣人的身上，然后引爆。波风水门本打算寻找时机进攻，但是眼下情况危急，在起爆符即将爆炸的瞬间波风水门连忙使用飞雷神将自己和鸣人转移。安顿好鸣人之后，波风水门立马回到漩涡玖辛奈身边，发现她体内的九尾被那个黑衣人放了出去，不过好在漩涡一族拥有极其强大的生命力，不会像其他人柱力失去尾兽一样当场死去，但如果尾兽不能及时回归，也终究难逃一死。
将漩涡玖辛奈也转移到安全区域后，波风水门传送到火影岩上，正好遇到带土使用通灵之术召唤出的九尾(我也不知道为什么通灵兽可以召唤尾兽，原著里就是这么弄的)正准备释放尾兽玉破坏木叶。关键时刻，波风水门用飞雷神将九尾的尾兽玉移走。紧接着，三代火影猿飞日斩带着木叶忍者们赶来。波风水门让他们先拖住九尾，自己去处理掉主谋。
和原著一样，波风水门利用飞雷神和螺旋丸打败了宇智波带土，而另一边，面对庞大的九尾，众人一时间没有什么办法。实力强大的忍者负责正面抵御九尾的入侵，实力较弱的则负责疏散人群。
凭借着封印班和结界班的帮助，留在场上的上忍们开始不断释放忍术。但即使是这样也无法阻挡九尾的脚步。而宇智波一族则被志村团藏以九尾之乱是宇智波所为，不能让他们靠近为由，隔离在战场之外。正当宇智波富岳进退两难时，日向风原赶了过来，对他说道：“富岳族长，不用理会团藏的话，现在木叶需要你，需要你的万花筒写轮眼。”宇智波富岳一听，顿时心头一颤：“你怎么知道……”而日向风原打断了他的话：“现在不是说这个的时候，如今九尾已经进入木叶主街道了，木叶村需要你。”看着日向风原坚定的双眼，宇智波富岳下定决心。无视了志村团藏的话，宇智波富岳带着手下前往支援。志村团藏见此，打骂道：“宇智波富岳，你要违抗命令吗?”听到这，日向风原也是回复道:“谁下令宇智波一族不能去保卫木叶的?你个老东西拿着鸡毛当令箭，不好好保护木叶，在这里捣乱，给我滚！”说着，一道冰墙挡住了志村团藏的视线。当他破掉冰墙时日向风原已经不见了。
来到正面，看见九尾被写轮眼控制，宇智波富岳也是一惊。他知道自己如果不能挽救这样的局面，那么宇智波一族将会为这次袭击的主谋背一个大锅。于是，宇智波富岳开启他一直隐藏到现在的万花筒写轮眼，大喊一声：“退后！”接着一具由查克拉组成的巨人出现在众人眼前。这是一个浑身黑色的巨人，高度与九尾几乎相当，而战力自然也是不俗，虽不能说轻松挡住九尾，但也让九尾难以再进一步。
其他木叶忍者对这个巨人的出现感到疑惑，只有猿飞日斩听二代火影千手扉间说过宇智波一族的忍术——须佐能乎。这个忍术只有万花筒写轮眼才能开启，猿飞日斩也没想到宇智波一族的族长宇智波富岳居然开启了万花筒写轮眼，而且还没有被人发现。不过好在他这次为了对抗九尾，自己将这个能力暴露了出来，而且为了都是木叶忍者，为了木叶村的和平，猿飞日斩也是暂且放下了对他的一些想法，不过等事情结束就要好好问询一番了。
回到战场，因为有宇智波富岳的加入，九尾破坏的步伐被制止了。而随着宇智波带土被波风水门打败后，九尾恢复了被控制的状态，看到眼前的宇智波，顿时怒火中烧，大喊道：“混蛋宇智波！”接着用前肢抓住，然后对着须佐能乎开始蓄尾兽玉。
虽然开启了万花筒写轮眼，但是宇智波富岳本身就不是太强大，加上没怎么用过这双眼睛，导致须佐能乎并非完全体。眼见那枚尾兽玉将要爆炸，关键时刻波风水门赶到，将尾兽玉移走。而少了尾兽玉的威胁，宇智波富岳也稍微有些放的开了，抓住九尾，喊道：“火影大人，快将人柱力带来封印九尾。”
波风水门立刻赶回去，将玖辛奈和鸣人都带了回来。玖辛奈双唇发白，已经有些油尽灯枯的感觉了。不过还是能够释放金刚封锁，将九尾牢牢绑住。在宇智波富岳的压制下，九尾并没有像原著一样挣脱金刚封锁的束缚，随后在封印班和波风水门的帮助下，成功将九尾查克拉一半封印到玖辛奈的体内，另一半则封印到波风水门体内。
就这样，此次的九尾之乱落下帷幕。受了重伤的带土眼见这次计划失败，也是放下狠话：“木叶，这次先饶了你，下次就没有这么好运了。”
第二天清晨，忍者们开始打扫战场。这次九尾之乱虽然有宇智波富岳的帮助，但是前面还是死去了很多木叶