李泰连夜将侯君集抓进大理寺。不过侯君集毕竟是皇帝宠信的勋贵，所以李泰还是有所顾忌的，因此没敢对他动用私刑。
由于这个案件牵涉到太子和汉王，李世民便让长孙无忌，高士廉，房玄龄，萧瑀，李靖，李勣等人，会同大理寺，中书省，门下省共同审理。
李泰一得到消息，便迫不及待的去长孙府拜访长孙无忌。
他开门见山，直言不讳的说道：“舅舅，虽然侯君集没有承认与太子勾结，不过假以时日，一定能抓出太子谋反的罪证。
如果我爹要把我大哥的太子之位给废了，我希望舅舅能支持我做太子。咱们甥舅联合起来，把房玄龄魏征这些人给挤出朝堂。”
长孙无忌对他说道：“太子是国家的根本，如果没有确凿证据，你爹是绝对不会废黜你大哥的。
你可以去侯府仔细搜查，看看有没有他和太子往来的信件。
当然，这时候估计侯君集早就把信件给烧掉了。不过百密一疏，总会遗漏一两封吧。
另外，除了物证，你也应该好好审问侯君集的心腹亲信，看看他们能不能指证侯君集与太子串通的罪行。
尤其是他女婿贺兰楚石，这人不是东宫的千牛卫吗，他知道的秘密一定不少。”
被长孙无忌这么一提点，李泰恍然大悟，立马就明白了该如何审讯，不过心里还是有点紧张。
“舅舅，万一他们要是死不认账，铁了心的要保太子，那我该怎么办？”
“只要侯君集谋反的罪证确凿，那你还担心什么？你要明白，你爹只在乎结果，只关心太子有没有逼宫的想法。
太子如果真行动起来，到时候不是一切都太晚了吗？”
“哦……我懂了，防范于未然，扼杀于摇篮。多谢舅舅提点，外甥一定会好好报答舅舅。”
……
长孙无忌突然明白了，太子之所以要去边塞视察军事，原来正是为了躲开侯君集这个漩涡。
现在侯君集被抓，太子又查无实证，而他此时远涉大漠，尽心国事，这在李世民心里就增加了不少的同情分。
同时，太子远离京城，不能当面对质，因此，所有对他不利的指控，李世民都会有种本能的防卫，认为是对太子的污蔑。
所以仅凭侯君集谋反这事，还不足以扳倒太子，只能先把李泰这个炮灰给扔出去。
长孙无忌指示手下的心腹，向李泰的同党们传达这样一个信息：
太子的腿有毛病，走起路来一瘸一拐，十分不庄重，没有一点君王的威严，所以如果他当了皇帝，一定会给大唐带来灾难。
这些话很快就在京城大小官员之间流传开来，甚至传到最后，竟然变成了皇帝因为太子有足疾，因而决定立魏王为太子。
李世民知道后，在朝堂上郑重的告诫群臣：“太子虽然腿脚有毛病，但是并不影响走路，而且近来他的腿脚已经基本痊愈。
你们拿太子的腿脚做文章，说他当了皇帝之后会对我大唐不利，长孙仆射，你说说，天下有这个道理吗？”
长孙无忌说道：“回陛下，天下是没有这个道理。可是，这些谣言已经在民间流传已久，多少也代表了一点民意，陛下不能不慎重对待啊。”
李世民十分生气，训斥道：“我自己的儿子我不了解，难道还要听你们的意见吗？
就算太子不能当皇帝，太子还有儿子呢，古代圣人制定礼仪，嫡长子不能继承大统，就由嫡长孙继承。
小宗不能取代大宗，正是为了社稷能够稳定，兄弟能够友爱。如今我还有嫡长孙在，你们却说魏王适合当太子，这难道不算是欺君罔上吗？
如果以后谁还敢私下讨论这种谣言，全部处死。”
……
耗时三个月，侯君集谋反一案审理完结，其中凡是牵扯到太子的口供，李世民都让李勣封档留存，不许公示。
按照唐律，汉王李元昌应判死罪。
李世民向众臣求情道：“汉王是我的亲弟弟，年少无知才犯下这等错误，我想饶他一命，你们觉得如何？”
长孙无忌说道：“陛下，天子无私家，您不能因为爱惜自己的弟弟，就乱了国家法度。”
房玄龄补充道：“陛下，您的一言一行都是天下人的表率，今天如果您饶了汉王，那么以后其他亲王再犯罪，您又该如何处置呢？”
魏征也郑重其事的说道：“汉王触犯法律，就必须得到相应的处罚，如果陛下特赦其罪，那就会让老百姓觉得，皇家子弟可以凌驾于法律之上。
您这是自绝于民的行为，离亡国就不远了。”
李世民无奈的说道：“唉，你们这是逼我背上残杀亲弟的恶名啊。”
魏征说道：“陛下，您能够大公无私，大义灭亲，维护法律的公正和公信力，这是千古传诵的美名，怎么会是恶名呢？”
于是李世民只能赐汉王自尽，至于他的母亲妻妾儿女，李世民下诏特赦，不予追究连带责任。
至于侯君集，李世民是真心不想让他死，甚至都低声下气的和大臣们商量，历数他对国家的功劳，就想让大臣们饶他不死，哪怕充军流放西域戍边也行。