能上，军屯司其实与大明各地的府兵、县兵类似。
唯一不同的是，这个衙门实行的是双重指挥与领导，而且兵员数量与管理上，进行了系统规范。
在这之前，各地府兵、县兵的多少，怎么管理，完全就是当地官府的事儿，可以说多寡不一、素质差距太大，混乱到了极点。
有了军屯司后，各地官府便不需要自行招募府兵、县兵。
更不需要地方州府或是县治，为戍卫武装力量提供粮饷。
因为军屯司为兵部下属，一个相对独立的衙门。
其中士兵，粮饷都归于兵部划拨。
同样的，各地军屯司，实行朱由榔麾下军队中确定的“团营连”制度。
县级军屯司衙门主官为营长，州府级为团长，行省级别则为军长。
就拿潮州来说，此地共有八个县，便有县治衙门军屯司八个营，再加上州府衙门军屯司一个团的兵力。
当潮州境内发生大的战争时，当地便可迅速组织起各县及州府衙门上万人的军队来，参与作战。