他奉命入川，却在宜昌逗留了一个多月不敢前进。
段把属于国民党的熊克武调为川边镇守使，把川军第三师长钟体道调为重庆镇守使。同时电令陕西督军陈树藩派陕南镇守使管金聚统率一个混成旅开进川北，以策应由湖北开入四川的北军。
十月中旬，川、滇两军在北江、威远、荣县展开了拉锯战，唐继尧把后援部队庚恩旸、黄毓成两军都开到永宁和叙州。
段打算下令讨伐唐继尧，责成刘存厚驱逐滇军出川。
冯国璋持相反的意见，主张不要扩大事态。
段又建议调唐继尧到北京担任参谋总长，如唐不肯北来，即下令讨伐。
明知唐不会离开自己的巢穴来京，这等同于下讨伐令，冯同样不予支持。
争论不下，最后冯作这样的让步。就是只讨伐滇军，不提唐继尧。
十月十七日北京政.府下令谴责在川的滇军将领黄毓成等，令其迅速退出四川，责成唐继尧查复。
十月二十日吴光新率领李炳之混成旅开入重庆，熊克武将所部川军第五师移驻重庆城外五十里，但本人仍留在重庆。
这期间川军第二、三两师夺回内江、威远、荣县、自流井、富顺。滇军向泸叙退却。
十月三十日，北京政.府下令斥责滇军将领顾品珍、赵又新、黄毓成筹集结兵力于泸县、富顺、自流井向川军攻击，均予褫职通缉处分。
十一月十二日授周道刚为四川督军，刘存厚为四川军务会办。
段把吴光新督川任命廷搁，是因为刘存厚有电到北京说：“川事川人可了。”段要利用川军打滇军，所以只好将就川军。
十一月六日，唐继尧由昆明移驻毕节，想亲自出马挽救滇军一蹶不振的局势。
十一月上旬，依附北洋集团的川军第二师和第一、第三师各一部，向川南靖国滇军发动全面反攻，下旬占领泸州、叙州(今宜宾)等要地，滇军节节向南败退，情况十分危急。
此时，中山先生已在广东召开非常国会，兴兵护法，唐继尧的靖国军也打出护法讨逆的旗帜。蔡锷任四川督军时委任的宁、雷、马、屏屯殖使兼宁远汉军统领张煦响应护法，张煦所部被唐继尧编为护国军第七军，和四川响应护法的其他队伍一道，也被称为四川靖国军。
为扭转靖国军败局，唐继尧决定以大部兵力坚守川南，牵制川军主力向川东机动。以第四军李友勋旅、第一军何海清旅，分出合江、永川，秘密进入江津，协同在綦江地区的黔军和四川靖国军，向防守比较薄弱的重庆方向进攻。试图切断北洋军援川的重要通道，孤立川南川军。得手后，再由东向西，与川南靖国军夹击川军主力，进而夺取成都。
十一月十二日，黔川靖国军由綦江分两路向重庆方向发起攻击，一度受挫，后在滇军协同下，夺取重庆外围部分据点。
十一月三十日，黔、川靖国军由重庆东南，滇军从西南夹击重庆。战到十二月三日，攻克铜罐驿、白市驿等要点，进迫浮图关。吴光新和周道刚等见大势已去，弃城逃走。
四日，滇黔川靖国联军进占重庆。嗣后，联军分三路向成都方向开进，协同川南滇军主力进击成都和反攻泸(州)纳(溪)地区。
此战史称“四川靖国战争”，以滇黔川靖国联军大胜，川军大败为结束。
十二月八日，北京政.府匆匆忙忙任命刘存厚为四川督军。因为这个时候，广州已经成为段祺瑞内阁的心头大患，段已经没有更多的精力顾及四川了。