秦淮在白檀过了一把“弹指千军破，扬马疆万里。”的瘾。野心膨胀到极点，如果不是刚刚获得大块地盘，怕是想要起兵把刘宏拉下马。
但是这也只能想想就算了，中原人才济济，无论是人口基数还是资源，大汉朝是碾压秦淮的，瘦死的骆驼比马大，历史上董卓的势力可不比秦淮差，秦淮自认自身能力比董肥肥差得多。
路漫漫其修远兮，搞坏大汉这个光荣而艰巨的任务就只能交给董老板了，要想取得天下可不能当出头鸟，只会把自己搞臭，成为众矢之的。
颍川战场的主帅是波才，刘宏派遣右中郎将朱隽攻击波才，波才击杀了汝南太守赵谦，击败了朱隽，将朱隽围困在长社。大汉另一位中郎将皇甫嵩前来支援朱隽，进驻长社。
波才围攻长社，兵力多于汉将皇甫嵩，汉军十分恐惧。波才依靠草地结扎营寨，被皇甫嵩发现，恰巧这天大风不止，皇甫嵩便奇袭波才营寨，纵火焚烧，波才军溃退。大汉骑都尉曹操正好前来救援皇甫嵩等人，便会合皇甫嵩，击破波才。波才军伤亡数万人，波才退走阳翟。
不能怪波才不行，汉军两大名将都在他手上吃亏，波才是孤军奋战，至少没有一个强有力的外援，而汉军源源不断。
皇甫嵩等人于长社胜利后，乘胜追击，于阳翟击破波才，又在西华击破了彭脱。波才、彭脱失败后，东方的黄巾军势力便被摧毁。剩下一些零星黄巾也躲山里做山贼，比如刘辟、龚都、何曼、何仪等。
南方军黄巾主将“神上使”张曼成，在起义初始阶段势力也一度发展到数十万人，还杀死南阳太守褚贡，不过被新任太守秦颉击败。张曼成牺牲，义军推举赵弘为帅，势力发展到10余万，并据守宛城。皇帝刘宏派遣朱儁与荆州刺史徐璆及秦颉等合兵1.8万人围攻义军宛城义军，从六月至八月都没有攻下来。后来朱儁猛攻宛城，赵弘迎战直接战死；义军又推举韩忠为帅，仍然坚守宛城抵抗朱儁。朱儁偷袭宛城成功后，韩忠只能退保小城。朱儁又是猛攻，但人马疲惫，久攻不下；朱儁假装撤去包围，韩忠出城而战，朱儁伏兵齐出韩忠兵败，战死数万人。韩忠投降，被秦颉斩杀。义军之中再次推举孙夏为渠帅，也是占据宛城。朱儁似乎不给黄巾军喘息的机会，猛击城池，11月宛城再次被攻破，孙夏带兵逃跑；朱儁追兵在西鄂精山追上孙夏残军，再次击败孙夏，义军上万人被杀，其余逃散。南阳黄巾不复存在。
和历史上不一样的是汉军只有少部分被带回雒阳，其余人被解散，但是地方被战争破坏，哪里还有生活的地方，没错落草为寇，为大汉的破碎增加助力，皇帝也没办法，雒阳被秦淮搜刮了一遍，刘宏气得要死，都派出好几波探子了，还有倒霉蛋吕布，莫名其妙遭遇刺客，而且还是好几次，而且还有的是匈奴人。吕布几次被刺杀抓到刺客审问得到一个惊人消息，“皇帝陛下刘宏要对付他。”吕布以为是他攻击护乌桓中郎将秦淮的事被皇帝知晓想要搞他，吕布只好带亲信逃亡到凉州，吕布和董卓看对了眼，提前成了董卓的义子。
连连征战让本来就病重的大汉摇摇欲坠，地方黄巾余孽作乱不断，根本无法从根本上剿灭。经历了黄巾之乱、凉州叛乱等大规模战乱之后，整个东汉帝国处在风雨飘摇之中，地方郡县长官凭借征讨叛乱时招募的武装拥兵自重，中央对地方的控制力大不如前。黄巾之乱虽已过去，但明眼人都看得出，东汉帝国更大的危机不久就将到来。
汉室宗亲刘焉提出了州牧制，刘焉提出的时机正是地方郡太守拥兵自重，私人武装渐成尾大不掉态势，刘焉主张（表面上）设立州牧，可以在各郡之上增设州级行政机关，可以强化对这些地方豪强的管控。只有监察权的刺史显然确实已经不适应当时的社会情况，所以刘焉特别强调以“清名重臣”去担任州牧，来镇抚、管控各郡。
表面上刘焉的提议确有其道理，不过在当时情况下，州牧的存在只能是一种悖论：郡级官员拥兵自重，就设立州级官员压制；州级官员也拥兵自重，谁来压制？
显然，从后世观察，汉末的州牧绝大多数恰恰成为整合各郡小豪强的大军阀，正是这些大军阀之间的战争将东汉彻底撕裂。而汉末第一位州牧，就没带好头，正是这位提议设立州牧的刘焉，到任后大搞割据，给后来者做了个“最佳示范”。
就在汉灵帝犹豫时，传来一些报告，称益州此时郤俭在当地胡作非为，有关他的非法勾当谣言四起。而并州刺史张懿、凉州刺史耿鄙则接连被反贼杀害。一系列的事件似乎冥冥中在帮助刘焉，向汉灵帝证明着刺史制度亟需修改，需要忠诚的朝中大臣空降地方，放手给他们权力去地方上拨乱反正。
《三国志·刘焉传》载：会益州刺史郤俭赋敛烦扰，谣言远闻，而并州杀刺史张壹，凉州杀刺史耿鄙，焉谋得施。
汉灵帝最终采纳刘焉提议，第一批任命了三个州牧：益州牧刘焉、豫州牧黄琬、幽州牧秦淮，秦淮灭乌桓，迫降东部鲜卑，还给刘宏奉献白马100匹、黄金千两、白银万两、还有十名金发碧眼的洋鬼子美女。
秦淮的举措对于刘宏真是雪中送炭，赞美秦淮是肱股之臣，为官之楷