纳牙阿走了后，成吉思汗对诸位将领说，听着，纳牙阿是开国元老，是我的救命恩人，因此我免了他一死。你们当中如果有谁再敢违抗汗命，立即处死！
诸位将领说，谨遵成吉思汗命。
成吉思汗继续说，任命拖雷为第一万人队万户长，接替纳牙阿的位子。
拖雷跪下来说，谢父汗！
成吉思汗说，铁木格、博尔术率领两万步兵驻守于城门口，布置重兵器车，防止城内守军和百姓外逃，除郭宝玉留下来保护我的安全外，其他的骑兵万户长立即率领所部人马，去执行我的杀降令！
铁木格谨慎的说，成吉思汗，我们的两万步兵里面，有一万攻城步兵本来就是花剌子模人，是否需要他们回避一下，以免引起他们的反叛。
成吉思汗想了想说，我本打算再组建一支偏军，继续西进征服花剌子模西部地区，你们出城后，你告诉他们，让他们先行一步，在巴里黑城以西二百里处的马鲁城下等着，蒙古骑兵随后就到。
铁木格说，这支部队还没有万户长，由谁带领他们去呢？
成吉思汗想了想，对身边的侍卫说，去把巴里黑城监军达密里黑传来。
侍卫领命而去。
过了一会儿达密里黑奉命而来，成吉思汗向他下达了杀降的命令，达密里黑面有难色。
成吉思汗逼视着达密里黑说，这个不但是我的汗命，也是库里台会议的决议，你难道要抗命吗？
达密里黑只得说，唯成吉思汗之命是从。
成吉思汗说，考虑到你在巴里黑城呆了那么久，可能和这里的守军、百姓有些感情，你就不要参与这次行动了，我准备再组建一支征西军，封你为一万攻城步兵的万户长，一会儿你带着这支部队出城后，继续向西开进，在马鲁城城下等着征西军主力到了再行攻城。
达密里黑说，谢成吉思汗体谅。
成吉思汗说，现在已是正午，诸位将领率领各部人马立即行动！
诸位将领领命而去。成吉思汗看着愣在那里的郭宝玉说，愣着干什么？随我到城墙上督战！
郭宝玉赶紧带着侍卫们护送成吉思汗前往城墙督战。
三万蒙古骑兵冲上城墙，立即对城墙上的守军进行斩杀。巴里黑城守军此时都自认为自己就是蒙古大军的一员，他们做梦都没想到成吉思汗要把他们全部杀死。
当三万蒙古骑兵从城墙下面冲上来，这些守军还不知道发生了什么事。直到蒙古骑兵向他们举起屠刀，他们才反应过来，准备拿起大刀、盾牌开始反抗，可惜为时已晚，很多守军还没拿起武器就被砍翻在地。剩下的守军与蒙古骑兵英勇搏斗，不过他们哪里是蒙古骑兵的对手。不到半个时辰，一万守军大部分被杀死，小部分守军准备逃到城外，被守在城门口的蒙古步兵使用重兵器车攻击，又只得退回城里，往城内百姓家中逃窜。
城内百姓听见城墙上厮杀声不断，都跑到外面看发生了什么事。他们看见蒙古骑兵正在屠杀自己的守军，还以为是这些守军犯了什么大错受这么重的惩罚。过了一会儿，蒙古骑兵杀完城墙上的守军，开始下城墙去屠杀城内百姓。
蒙古骑兵在巴里黑城的街道上一边一路狂奔，一边斩杀街道上的百姓。
城内百姓这时也才意识到蒙古骑兵是来屠城的，个个哭天喊地，都说，真主啊，我们已经投降蒙古人了，为什么他们还要杀死我们？
城内百姓只得跑回家里躲藏。蒙古骑兵的战马无法进入百姓家中，只得下马，徒步进入百姓家中屠杀。城内百姓拿起菜刀、木棒等工具袭击蒙古骑兵。有个别蒙古骑兵遇袭身亡。
成吉思汗收到这一消息后，心想，我们现在只有三万骑兵，如果城内百姓拼死抵抗，一定要折损我们不少将士。
于是成吉思汗命令两万骑兵撤到城墙上，一万骑兵退回城门口。
撤退至城墙上的蒙古骑兵，遵照成吉思汗命令，使用火箭向城内射箭。超过十万支火箭射入城中，使城内燃起熊熊大火。
城内百姓出于无奈，只得拿着武器准备从城门口突围，又遭到城门口一万蒙古骑兵的射杀。
三万蒙古骑兵就这样轮流屠杀、轮番休息，至到第二天黄昏，城内再没有人往外跑，再没有传出任何人的声响。
到了第三天，城内大火渐渐熄灭，成吉思汗命令蒙古骑兵再次入城，清剿幸存的百姓。
当发现城内守军和百姓全部被杀死后，成吉思汗命令后勤步兵搬来巨石，将巴里黑城两道城门封死，然后命令全军在城外休整三日后，向撒马尔罕开进。