当蒙古大军主力进攻忒耳迷城、哲别偏军西进的同时，花剌子模新苏丹扎兰丁率领兀思剌黑、帖木儿蔑里、阿勒巴儿汗、阔克汗“扎木合”等将以及五百余名士兵从额别思宽岛出发，来到里海南岸，和驻守在岸边的一万余名花剌子模骑兵汇合。
当扎兰丁得知蒙古大军正在东边的忒耳迷城和西边的呼栏栅等地作战时，他率领这一万余名骑兵从两个地方的中间山地边缘通过，准备去花剌子模南部地区招兵买马，对抗蒙古大军。
扎兰丁大军一直往南边走，走了十余天，大约走了上千里路，走到山地的尽头，前面是一望无际的沙漠，扎兰丁大军又继续往东走，沿途又收留了许多难民。这样又走了二十几天，来到了两千里之外的花剌子模南部地区首府哥疾宁城。这时跟随扎兰丁大军的难民增至二十余万，扎兰丁从中挑选五万余人编为步兵。
哥疾宁城位于花剌子模南部地区的喀布尔河谷内、兴都库什山南。哥疾宁城是着名的东西方通商要道“丝绸之路”上的重要城镇，是中亚一个着名的贸易中心。这里气候条件良好，适宜居住，可以种植多种农作物和葡萄、杏、枣等水果。城内百姓达五十万人。城内守军有步兵两万、骑兵一万，可以动员的预备军有十几万。哥疾云城最高长官阿黑剌黑是图儿罕太后的一个本家侄儿，也是一名职业军人，长期镇守花剌子模南部地区。
扎兰丁大军来到哥疾云城。哥疾云城最高长官阿黑剌黑原本不想接待扎兰丁，因为他也参与过废除扎兰丁王储之位的阴谋。但他又得知阿拉丁已死、图儿罕被俘、扎兰丁成为新苏丹等消息后，于是只得打开城门迎接扎兰丁大军入城。
扎兰丁进入城内后，就开始积极制造武器、整军备战，准备进攻被蒙古大军占领的城池。
此时蒙古大军刚刚拿下忒耳迷城，成吉思汗收到留守撒马尔罕的镇海的奏报，得知阿拉丁的大王子扎兰丁在花剌子模南部地区集结部队、制造武器，准备进攻被蒙古大军占领的中部地区。
当时成吉思汗还不知道阿拉丁已死，认为扎兰丁那里不会集结太多人马，于是打算组建一支征南偏军去攻打扎兰丁。
成吉思汗任命失吉忽秃忽为征南军主帅，率领兀鲁兀台的第九万人队、一万攻城步兵、五千重兵器车兵和工匠兵、五千后勤步兵前去歼灭扎兰丁。此时兀鲁兀台万人队只有六千余人马，成吉思汗从其它五支万人队各抽了一些人马，补充至兀鲁兀台的万人队。
失吉忽秃忽，蒙古塔塔儿部人。当年蒙古铁骑在攻塔塔尔部营寨后，烧杀掳掠，发现一个聪明伶俐、头角峥嵘的小孩，铁木真慧眼识英才，将其带回交给母亲柯额伦抚养，为柯额伦“四养子”之一。失吉忽秃忽少年之时英猛无比，胆识过人。成年以后，失吉忽秃忽追随铁木真左右，奔驰在蒙古草原，时常提醒铁木真细致用兵，为其指出犯的错误。失吉忽秃忽每次战斗都会身先士卒，从不贪生怕死，在统一蒙古草原的战争中立下卓越功勋。大蒙古国建国后，成吉思汗“物尽其才，人尽其用”，让失吉忽秃忽“弃武从文”，担任大断事官，掌刑罚诉讼及民户分封诸事，凡分封于王公贵族的民户、所审断的案件以及经他奏准的各项规定，都写在蒙古青册上，后人不许改动。失吉忽秃忽刚正不阿、执法无情，人称“胡丞相”。蒙古大军出征花剌子模时，失吉忽秃忽主动提出想再次征战沙场，得到成吉思汗许可，被任命为后军主帅。此次南征扎兰丁，成吉思汗再次任命失吉忽秃忽为南征主帅，给其建功立业的机会。