崧谁也不放心，所以，他做出决定，御驾亲征，且留陈王朱慈焈于南京监国。
对于朱由崧的决定，满朝文武大臣都是不同意的，但朱由崧发表了一篇“太祖基业非坐享而来，乃一刀一枪厮杀出来”的杀气腾腾的**后，诸臣虽然不同意，但还是妥协了，于是，朱由崧便组建了西征御营，以兵部右侍郎吕大器、左光先工部左侍郎、户部右侍郎何腾蛟等人为随营参议，于当年三月二十五日，誓师西征。
三营新军登船前，为了减缓左部东进的速度，朱由崧派遣与左良玉相熟的前江西总督、现吏部左侍郎袁继咸前去劝说左良玉罢兵，率部返回武昌，但左良玉此时自觉无法回头，便扣留了袁继咸，并唆使袁继咸与其一起行事，但袁继咸明确予以拒绝······