等爱丽丝和克莱尔一行人进去十分钟后，海豹5队长格兰特和六队长凯恩，分别带着自己的队员潜入了蜂巢。
与此同时，红后也发现了他们，并且通知了生化危机中的大Boss，阿尔伯特·威斯克。
按照孙宇预先制定的计划，根本没有给威斯克再次启动换气扇的机会。
海豹6队直接就将换气扇炸了。
巨大的爆炸力使得整个蜂巢开始微微颤抖起来。
威斯克感受着地面的晃动，脸色逐渐变得阴沉无比，他命令红后，道：“唤醒艾萨克斯博士！”
红后：“我收到的指令是，只有在最紧急的情况下才能唤醒他们。”
威斯克面沉如水，表情冰冷，再次强调：“马上立刻，唤醒他。”
红后：“好的，即刻激活唤醒程序。”
一台休眠仓缓缓从地下升起，当它升到最高点时，慢慢直立了起来。
“呲！”
随着一股白色气体喷出，休眠舱门缓缓打开。
片刻后，这个杀死了70人口的生化危机最终Boss，艾萨克斯博士本体走了出来。
在玻璃杯中倒了一些82年的威士忌，艾萨克斯博士轻轻抿了一小口，问向威斯克：“清洗完成了吗？”
威斯克：“没有！”
艾萨克斯博士：“那为什么唤醒我？”
威斯克：“我们遇到问题了！”
威斯克说完，艾萨克斯博士立刻就知道有人背叛了保护伞公司。
他整理了一下衣袖，坐到了沙发上，喝了一口威士忌，静静地等待着爱丽丝的到来。
……
蜂巢入口不远处。
格兰特率领着海豹5队，小心翼翼地跟在了爱丽丝身后不远处。
由于蜂巢内部遍布各种杀人机关，没一会儿，爱丽丝的人就已经死的七七八八。
当她再次来到那条激光镭射走廊时，脑海中浮现出《生化危机1》中的情景。
稍微缓解片刻，爱丽丝跑到了走廊尽头，并在这里补充了武器弹药，同时获得了一大包C4炸药。
经过一番操作，爱丽丝顺利的打开了通往总控室的升降天梯。
升降梯下降的过程中，爱丽丝看到了数以万计的低温休眠仓，这里面装着的都是保护伞公司的高层。
他们都是毁灭世界的元凶。
安装好炸药后，爱丽丝终于见到了艾萨克斯博士本体。
与此同时，海豹5队也偷偷摸了进来。
浣熊市，保护伞公司蜂巢基地，地下800米处。
爱丽丝眼神冰冷，凝视着艾萨克斯博士。
再次倒了一些威士忌，艾萨克斯博士喝了一小口，说道：“来，别站在那里，过来点。”
爱丽丝手持冲锋枪，警惕地盯着爱萨克斯博士。
看了一眼时间，艾萨克斯博士博士说道：“你还有9分钟时间拯救全世界。还有，你最好把枪放下。”
爱丽丝将枪口对准了艾萨克斯博士：“我为什么要听你的？”
艾萨克斯博士慢慢从怀中掏出了全世界唯一的T病毒解药，不屑的说道：
“你的目的不就是这个吗？万能解药，能治愈万物，如果它在地下800米处爆裂，你说它能不能传到地面上去？而你绝望的梦想，也会马上破灭。”
说完，艾萨克斯博士用两根手指夹住解药，只要他一松手，解药就会被摔碎。
没有任何办法的爱丽丝放下了手中的武器。
而就在这时，她后面的队友则将枪口对准了她。
这个男人是叛徒的事，爱丽丝早就猜到了，所以并不意外。
与此同时，威斯克用手枪顶着克莱尔的脑袋，将其推到了爱丽丝面前。
……
爱丽丝想过无数种解决艾萨克斯博士的办法，但这些都被博士脑中内置的格斗预判软件全部成功预判。
本来孙宇是可以直接选择空袭炸毁蜂巢的，但是为了获得伞公司的科技，使他不得不让海豹突击队再次冒险进入蜂巢，这里面最让孙宇看重的就是这套格斗预判系统。
就在艾萨克斯博士解释爱丽丝身世之谜的时候，保护伞公司的另一位大佬，艾丽西亚·马库斯坐着轮椅来到了爱丽丝的身后。
直到这时，爱丽丝才知道，原来自己就是个克隆体……
而当年保护伞公司故意释放病毒毁灭全世界的真相也逐渐揭开。
艾丽西亚痛恨艾萨克斯，因为博士杀了她的父亲，
就在威斯克举枪对准爱丽丝将要开枪之际，艾丽西亚解除了威斯克保护伞公司雇员的身份。
由于之前红后并不能对保护伞公司员工下手，所以它拿威斯克毫无办法。
但艾丽西亚解除了威斯克的雇员身份，使得红后立刻获得了击杀权限。
旋即，红后放下了厚重的隔离门将威斯克双腿砸断。
见状，艾萨克斯博士立刻转身向着外面跑了出去。
爱丽丝对着艾丽西亚说了声“谢谢！”
随后又将C4炸弹引爆器放到了威斯克手里，转身便追了出去。
克莱尔也亲手杀了背叛自己的男朋友……