次日一早，福康安先是上了谢恩折子，又去兵部缴还了王命旗牌和钦差关防。之后便领了三百贴身侍卫出京西去。
而他这一去，甘肃新教将被杀的人头滚滚。
福康安刚到西安接了阿桂的钦差关防后，根本不鸟京营这些将官是谁家亲戚，但凡领军逃跑的就是五十军棍伺候，所有差事全部革去，由副手顶替，本人打完军棍还要下狱等待朝廷处置。一时间，京营上下被军棍打的鬼哭狼嚎。
随后在阅兵时，福康安直言麾下官兵，此番出战，若有临敌畏战者，不管大小官职，即行当场斩杀。
一番连打带吓的威吓过后，他又让亲卫抬出了一箱箱的银子。福康安神情激昂的高呼道：“大丈夫立功在此一举！为社稷为皇上效命！我福康安不惜一死，粉身碎骨以报高天厚地之恩！打好这一一仗，银子我分文不取，都是尔等的！我给你们保举，人人升官！”
此时已经被福康安的弄的又惧又怕的火器营上下，被这一番话和台上的白花花的银子激荡的热血沸腾！
“愿为皇上效命！愿为大帅效死！”
八月初十，福康安率领京营火器兵五千人从西安抵达了延川一线。在和李侍尧密议定下方略后，便从延绥兵中拨出三千人，一起悄悄越过杨晋水、潘云涧两处河流，顺着泾河一路向西，直扑甜水河南岸的隆德县。
数十门大炮狂轰滥炸之下，原本就残破不堪的隆德县城当日便失守，义军死伤数千人。
八月十二，福康安继续率军西进，两天便攻克了甜水河与苦水河交界处的静宁县。静宁的收复，使得西安与兰州中断多日的通信很快便恢复畅通。
而守在兰州的甘凉兵、阿拉善骑兵和宁夏的援军在得到福康安的命令后，不敢懈怠，率军奋勇出击，五日便攻克会宁。
福康安此时返回隆德，在当地汉民与老教民壮中招募挑选“奋勇兵”、“好枪手”一千多名；经过一番准备，于八月二十一日向底店山发起佯攻。而从会宁赶来的清军从山后配合发动偷袭。底店山义军奋勇还击，清军攻山不下便开始围困。可随着守卫底店山的武举马文熹向福康安投禀乞降，使守山的新教义军受到很大削弱，底店山很快失守。此战新教义军战死三百余人。
此时已经快要抵达长武的张文庆和马四娃部听闻后方失守，立刻撤军回援。李侍尧则带领陕西督标营和延绥兵一部如牛皮糖一般死死咬在对方身后。
新教马四娃部对李侍尧这块“狗皮膏药”狠的牙痒，于是在崇信摆开阵仗准备与其死磕。李侍尧见此情形，立刻退兵二十里结寨自守。
马四娃在崇信等了三天也不见对方过来，便率义军趁着夜色撤离崇信。谁想走到华亭附近时，李侍尧带着人马竟又跟了上来。马四娃索性不再理会，直接撤回石峰堡。
八月二十七日，福康安与西路清军以优势兵力分两路进攻蟠龙山，一战剿杀三百余人。
随着隆德、静宁、底店山、蟠龙山的失败，石峰堡义军陷入孤立无援的境地，原本的大好形势立刻急转直下。而远在宝鸡城下的义军李可魁部也早已放弃攻打宝鸡，率军回援。李侍尧所部刻意避其锋芒，让开道路，放李可魁所部进入石峰堡。
此时清军的五路大军好比张开的五指，已经悬在了新教义军的头顶。
九月一日，福康安接到李侍尧传来的消息，得知最后一支义军人马已经进入他布下的口袋，于是“五指”开始并拢攥拳。各路清军随即直逼通渭，于九月十三日到达鹿鹿山；又经双砚小道于十五日抵达石峰堡下。
石峰堡位于通往伏羌、通渭、会宁、安定、秦州、巩昌的总路要隘，处在群山之中。城堡高踞峰顶，四面多悬崖峭壁，十分的险峻。
此地原为旧有堡子，多年无人居住。乾隆四十六年三月，回民马正芳、马壮来到堡内进行修理，筑墙挖窑。苏四十三失败后，清廷搜查新教教众；而新教早把石峰堡作为秘密据点，经数次修茸整固，在峰顶筑有高墙，堡外挖有深壕三道，周围各处筑有窑洞上百座。
新教在堡内储备了大量粮食器械，堡外有崎岖山径可通，沟坎交错重叠。义军在堡南及东西两面扎立营盘，营帐密布，准备严防死守。
九月十八日，福康安麾下五路大军全部就位，他马上命令展开强攻。新教义军居高临下，数次将清军击退。
九月二十一日，阿桂从西安抵达军营。福康安命令各路清军设法断绝华水川水道，并用大炮轰击堡内营寨两日，然后再度合力进攻。
二十三日，清军发动了大规模攻势。新教义军面对强敌奋勇厮杀，齐心死拒，使清军无法攻上山崖。最后清军仅占据了山下一隅之地，可惜无济于事，伤亡甚多。不过义军在此战中也是死伤惨重，首领李可魁阵亡。
此时清军数万大军云集石峰堡下，层层封锁，新教义军已经插翅难逃；而堡中能战者已经不过六千余人，堡内义军家眷高达上万。随着水源日渐枯竭，义军即使有粮也难以下咽；只有等着老天下雨才能稍稍积攒一些，但也根本不够用。
这期间，随着石峰堡外围三道壕沟逐一失守，义军首领张文庆迫于无奈，只好决定让义军家眷