指挥使之下设都指挥同知二人。就指挥同知来说，在官职品级上略微低于指挥使，在设立之初，指挥同知二人中，一人管练兵，一人管屯田，可以理解为锦衣卫指挥使的副手。
下面还有指挥佥事二人与都指挥同知分管屯田、训练、司务等事，接着就是镇抚使，在锦衣卫中，分为南镇抚司和北镇抚司。其中，北镇抚司“专理诏狱”（皇帝钦定的案件），也即负责逮捕等事宜，而南镇抚司则是管理锦衣卫内部人员，也即一个对外，一个对内。
最后还有千户和副千户，百户、副百户，总旗、小旗以及校尉，编制人数为5600人，一个千户所1120人，一个百户所112人。通常来说，在锦衣卫中，小旗管十个人，总旗管五个小旗，百户管两个总旗，千户管十个百户。不过，到了明朝中后期，锦衣卫的人数因为不设上限，所以其总人数甚至增长到6万—10万左右，而且还有许多不在编制的合同工，如果算上人数会更多。
一直以来在大明帝国锦衣卫都是尴尬的存在，舅舅不疼娘亲不爱，福利待遇差，工资也是经常的不发。可是锦衣卫又不能不要，就像是土财主的正妻，人又老又丑，活不好技术差，可是你又不能休了她。
一直以来大明帝国的国库都是入不敷出，朱熹洛也是一直苦恼，感觉自己不是当皇帝享乐的，而是专门受穷的，为此朱熹洛也不得不一而再再而三的采取措施，例如一人多职，一个人干几人的活领一份工钱，不必要的人员辞退，总之是能省则省，因此裁剪锦衣卫也成为必要的手段。
本着人的潜能就像是海绵里的水，挤挤肯定会有，于是朱熹洛大刀阔斧的搞改革，对于锦衣卫的编制进行修改，锦衣卫指挥使这是必须有的，而且是郝连德兼职，只发一份工资即可，而同知佥事镇抚等都进行了修改，只设立同知一名，当然了同知佥事镇抚的工作也是一个人做的。而至于每个千户所的编制也进行了改革，每个千户所满编一千人人，但是朝廷只提供一百人的甲胄兵器以及粮饷工资，其他的自己想办法，谁家的银子都不是大风刮来的，因此每个千户所都没有超过五十的，能够超过八十就说明此卫千户官有良心，对大明帝国忠心。例如松江府千户所吴善长，整个千户所加起来才不过百人，松江府还算是比较发达的地区，可想而知一些穷苦地区可能千户所早已经名存实亡，只剩下光杆司令了。