燕王朱棣厚葬假建文帝尸和马皇后尸，布告天下，广收民心，然后图谋称帝，因宫殿悉数被烧，燕王便在文楼议事，这天燕王派人请了方孝孺来，方孝孺一路大哭不止，进入文楼议事厅，背向燕王席地而坐，放声悲哭，声震屋宇，几度气绝。燕王兵发北平，僧道衍姚广孝以孝孺为托，曰：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”燕王颔之。于是燕王亲下台阶，好言劝慰方孝孺，道：“先生毋自苦！予欲法周公辅成王耳。”孝孺曰：“成王安在？”燕王曰：“彼自焚死。”孝孺曰：“何不立成王之子？”燕王曰：“国赖长君。”孝孺曰：“何不立成王之弟？”燕王曰：“此吾家事。”燕王叫左右拿纸笔来，亲自递向孝孺，道：“诏天下非先生草不可。”孝孺转过身，背向燕王，且哭且曰：“死即死耳，诏不可草。”燕王愤怒，大声道：“汝独不顾九簇乎？”孝孺起，转身燕王手里拿过纸笔，书曰：‘燕贼欲篡位。’然后掷纸笔于地，引颈向燕王，曰：“便是族我十族，又能奈我何？”一生战场厮混，杀人如麻的燕王朱棣哪里能忍受这番侮辱？他抽出腰间的‘七星’宝剑在方孝孺身上乱砍。燕王封地在北，便在剑柄上铸‘北斗七星’，名曰‘七星’剑，又名‘北斗’剑，该剑烈火淬就，锋利无比，要不是燕王气的太急，错用成刀砍，方孝孺只须一剑休矣。方孝孺被砍的半死。袁珙、金忠、李友直、邱福、朱能、李远等一批文臣武将苦劝住燕王，谋士李友直道：“大王可承太祖传位，去建文年号，诏告天下，莫有敢不从者。”既然无需孝孺草诏，便留之无益，方孝孺敢书‘燕贼欲篡位’为辱，燕王亦不再顾僧道衍之所托。于是燕王下令广收方孝孺族人及门人弟子，收方孝孺父族四，母族三，妻族二，再门人弟子一族，共计十族，凡八百七十三人，全部戮于市，行刑当日，号冤声彻天，观者无不掩面悲泣，行刑者亦色惨。方孝孺慷慨赴死，赋绝命词一首，词曰：
天降乱离兮，熟知其由？
奸臣得计兮，谋国用猷。
忠臣发愤兮，血泪交流！
以此殉君兮，抑又何求？
呜呼哀哉兮，庶我不尤！
外戚不属杀戮者，亦抄没家产，发配充军，累计三千余人。
和方孝孺一起被杀的书生百余人，乃方孝孺门人弟子，皆当时饱学之士，除方孝孺家斩绝无后外，要数方孝孺门人德庆侯廖永忠之孙廖镛一家最为惨也。廖镛，字景声，安徽巢湖人，大学士方孝孺门人。廖镛祖父乃明朝开国重要将领廖永忠也。永忠少有大志，智勇过人，战功卓著。有《廖永忠传》为证，传曰：‘廖永忠，楚国公永安弟也。从永安迎太祖于巢湖，年最少，太祖曰：“汝亦欲富贵乎？”永忠曰：“获事明主，扫除寇乱，垂名竹帛，是所愿耳。”太祖嘉焉。……??陈友谅犯龙江，忠大呼突阵，诸军从其后，大败之。……战鄱阳湖。敌将张定边直犯太祖舟，常遇春射走之，永忠乘飞舸追且射，定边被百余矢，汉卒多死伤。明日，复与俞通海等以七舟载苇荻，乘风纵火，焚敌楼船数百。又以六舟深入搏战，复旋绕而出，敌惊为神。又邀击之泾江口，友谅死。还京，太祖以漆牌书“功超群将，智迈雄师”八字赐之。??……以征西副将军从汤和帅舟师伐蜀。进至瞿塘关，山峻水急，蜀人设铁锁桥，横据关口，舟不得进。永忠密遣数百人舁小舟逾山渡关，出其上流。度已至，帅精锐出墨叶渡，分两军攻其水陆寨。黎明，蜀人始觉。上下夹攻，大破之。明日，和始至，乃与和分道进，期会于重庆。永忠帅舟师直捣重庆，次铜锣峡。蜀主明升请降，永忠以和未至辞。俟和至，乃受降。帝制《平蜀文》旌其功。’在朱元璋大封功臣时，咎廖永忠迎韩林儿归应天，至瓜步覆其舟死，乃以‘使所善儒生窥朕意’故，止封侯而不公。赐爵德庆侯。后坐僭用龙凤诸不法事，赐死。子廖权袭爵。权死爵除。镛以廖权嫡子身份任散骑舍人，后官至都督。燕王朱棣以廖镛为元勋后，又官至都督，乃方孝孺门人弟子中最为显贵者，请方孝孺草诏前令廖镛往劝方孝孺降，方孝孺怒骂镛曰：“汝读几年书，还不识个‘是’字？”镛以未能劝降复命。孝孺就戮，镛及弟铭拾其遗骸葬聚宝门外的山上，葬甫毕，而廖氏亦见收矣，镛、铭遂被逮。燕王朱棣怒廖镛未能劝降方孝孺，还为其收尸，命以刀抉其口两旁至耳。廖镛不屈，被灭族。唯廖镛母乃将门之女免遭杀戮。廖镛母汤氏，东瓯王汤和之长女也，虽免杀戮，仍送浣衣局为奴，令赤脚为奸恶妇洗脚、服绢布等为辱，廖镛母为奴至死，没年四十有四。廖氏亦惨绝无后也。
燕王朱棣杀书生以绝众人口，于七月即皇帝位，诏令天下：因奸臣蒙蔽百姓，篡改太祖传位遗诏，使得建文僭位，当去建文年号，回归正统，以今年洪武三十五年为纪，明年为永乐元年。建文中更改成法，一复旧制。废兴宗孝康皇帝，仍称懿文太子。榜齐泰、黄子澄、练子宁等五十余位建文朝臣为奸臣，下令搜捕。大收齐泰、黄子澄、练子宁等族人数万人下狱，一时间监狱里人满为患，世面上人心惶惶。
建文帝一行一路向北，走到灵璧境内，眼看济南指日可待，建文帝一行马不停蹄