弟萧瓛趁机反叛，并且投降了南陈。于是文帝趁机废黜西梁国，然后再册封萧琮为大隋上柱国、莒国公。杨广即位以后，听信杨集的谗言，心中便有了御“敌国皇帝”为己用的乐趣，于是拜萧琮为内史令、改封梁国公。若非陈叔宝死了，恐怕此时也被杨广封为御用文人之类的。
也是出于此心，所以杨广希望杨集早点了结吐谷浑，然后再把慕容伏允抓来使用。而伊吾王、慕容卑这种小杂鱼，杨广都瞧不上。不过萧琮本人却没有一丝半毫被奴役的羞怒，反而对杨广的魄力和大气佩服万分。
“萧相平身！”杨广将薛胄的弹劾奏疏、元寿的联名请愿书递给了他，待他看完，问道：“萧相，你对这份请愿书怎么看？”
“圣人，臣认为这是无稽之谈。”针对沸沸扬扬的弹劾风波，萧琮和弟弟萧玚私底下商议过，兄弟俩都认为是关陇贵族在背后推波助澜，如今这两份奏疏证实了他们的猜想。
薛胄的弹劾无关痛痒，但是元寿的请愿书则是威力巨大了，这也不禁让萧琮想到了杨集和元氏的私人恩怨，仁寿年间的贺若弼案牵涉到了关陇贵族三大派，由于当初是杨坚掌权，所以对勾结步迦可汗的独孤家法外开恩，仅仅只是拿独孤陀一支给杨集和群臣交待；窦氏因为参与不深，所以只有前家主窦谊被勒令自杀。之后，杨坚将一切罪名都归咎到贺若弼身上，所以两家就这么过去，甚至民间都不知道这两家被处罚了。
但是元氏则是倒足了血霉，他们不仅被处死了一个元岩、即将复起的元胄被判了个永不录用，家中私藏的武器也被收缴了一干二净。当这些足以让灭族的武器装备被搜出、被公诸于众，元氏为了给杨坚一个交待，只好又牺牲几十名身在军中的子弟。
而杨坚为了正国法、杀关陇贵族的威风、给天下臣民交待，又将这几十人杀的杀、贬的贬。直接让元氏在军中的力量损失了一半以上。
虽然说三大家族的“被迫”入局，是贺若弼本着法不责众的想法，试图以整个关陇贵族的力量来逼杨坚让步，最终使他贺若家也逃过一劫。但是贺若弼已死、贺若家已灭，而杨集又是最大的获益者，于是元氏便将这笔血债算到了杨集头上。
如果元寿现在是公报私仇，那也只是元氏和杨集之事，其他关陇贵族门阀不至于参与进来，可是这份请愿书有百多名关陇系官员署名，萧琮便料到这是整个关陇势力对杨集发难了。
若是杨集在这场声势浩大的声讨中倒下，关陇贵族定然扩大战果，将杨集的亲戚朋友通通拉下来，而本就处于风尖浪口的萧家自然首当其冲，一旦萧家倒下，南方士族也将被一一清理干净。所以不管是为了杨集，还是为自身利益，萧家都必须站在杨集这一边，集中全力在背后发力。
实际上，这也是杨广把萧琮叫来，并且让他看这两份奏疏的根本原因所在。
在杨广看来，杨集虽然被寒门捧上了领袖的宝座，可是中枢诸多要员，没有一个人是寒门子弟。这就导致杨集在这种紧要关头，得不到寒门的半点帮助。所以他必须给杨集找个帮手，而萧家无疑是不错的选择。
而杨广本人，早已从棋手变成了‘裁判’，自然不能再像以前那样亲自上阵。此时听到萧琮说“臣认为这是无稽之谈”，杨广就知道萧琮意识到他们和杨集唇亡齿寒、荣辱与共的关系了，当即故作淡然的问道：“何以见得？”
“启禀圣人！”萧琮拱手道：“我大隋军队之所以攻无不克、战无不胜，除了统帅指挥有力、将士能征善战以外。更重要的是先帝吸取了监军为祸、地方掣肘的教训，在总管府之上置临时大总管府、中总管府；每到战时，以大总管为首的大总管府总揽所辖诸州军政，怎么打、如何打皆由大总管说了算。不过因为大总管职位过重，先帝为了预防大总管成为大祸，故而只有战时才会启用，大战过后就收回大总管职位和权力。如今回过头看，大总管府、大总管的存在是利大于弊。”
“萧相所言极是。”杨广点了点头，他也多次挂帅、并获得最终的胜利，自然知道战时的军政一体、主帅的自由发挥，皆是打赢一场战争重要基础。
萧琮看了杨广一眼，接着说道：“凉州正处于与吐谷浑对峙和作战关键时期，东突厥又悍然进军大湖区，形势异常严峻，若是再把州牧府撤销、增加几个地位相当却不懂军事之人，凉州的胜算必将大为降低，弄不好，还会因为内部掣肘而大败。故而微臣认为元大将军的说辞，实乃是极不负责的无稽之谈。”
“臣以为凉州州牧府和以往的大总管府没有什么区别，都是为了战胜敌人、临时而设。同时也认为州牧府权力过重，应该将之撤销，但是撤销的时间绝非是现在，而是必须等到卫王战胜吐谷浑、朝廷重新确认东突厥是否忠诚之后。”
杨广微笑道：“萧相不是武将，却比很多武将更懂军事，实乃大隋之幸、军队之幸。”
“圣人过奖了。”听了杨广的话，萧琮暗自松了一口气，从这番对话来看，杨广还是坚定站在杨集这一边的。
杨广扬了扬手中的‘请愿书’，意味深长的说道：“然而不懂兵事、急于撤销州牧的官员实在太多，萧相认为如何是好？”