而在顺治八年七月，清将张天禄出崇安分水关，马进宝出台州海门，闽浙总督陈锦全军出定海，分路进攻舟山。张名振、张煌言等奉鲁王入海出兵吴淞，牵制清军主力。
大学士张肯堂、安洋将军刘世勋、荡北伯阮进、左都督张名扬等在舟山留守。此役舟山军民死难者达18000人，合葬定海城北龙峰山下。事后，有清将后面自己承认：“我军南下，江阴、泾县、舟山三城，最不易攻。”
到了顺治十年八月，张名振和监军兵部侍郎张煌言带领五六百艘战船向北进发，来到长江口的崇明一带沙洲。
崇明城中的清军兵力有限，不敢出战，被围长达八个月。明军以崇明和附近沙洲为基地。
在清方一份档案中介绍：张煌言部筑圩耕种，近城十里之外，充斥着很多张煌言部的贼人。城内百姓菜色相望，饥馑难支。为我清军用者恹恹待毙，为张煌言等反贼用者则是欣欣向荣的样子。
另外，崇明产米之乡皆在平洋山前东、西阜沙，都被张煌言贼部占据。
从清军这份档案可看出，张煌言确实知兵，还能切断清军粮草供应，变成自己这一方的。
而在顺治十一年，张军三次进入长江作战，便有了历史上有名的三入长江之役。