其次就是大理寺和刑部职权区分，刑部主案件的侦破和审理，而大理寺负责复核和量刑、犯人的监管处理等。
相当于刑部是公安局，大理寺是法院，后期李琦还准备成立一个类似检察院的机构，刑部提报的案件，整理好证据材料后，由监察院复核量刑，然后提报大理寺，大理寺批复后执行。
相当于刑部有侦缉、逮捕的权利，也有量刑的建议权，但量刑需要监察院复核同意，最后由大理寺做最后的审判确认，最终定罪。ωωw.cascoo.net
监察院除了复核刑部的案件外，还要负责犯人的收押及处刑，以及对各地案件进行抽查复核。
而大理寺则负责审判，同时对监察院和刑部的案件进行抽查，监督两个部门的事务是否合规，但没有逮捕权和直接处理案件的权利。
同时，大理寺定案后，若监察院和刑部对量刑有异议，可上报秘书处，交由皇帝决断，避免大理寺徇私枉法。
权利的分割，让冤假错案发生的概率大大降低，也在各部头上悬了一把利剑。
此外，新增军部，专职处理军方的各项事务，以后，军方的后勤、军备的采购等都由军部先做预案，提交户部审核后划拨款项采购，采购由户部完成，但由军部对军械物资进行核查，确认数量和质量无误后，由军方自行押送，户部派遣官员随同监督，直至入库后双方画押确认。
而采购的价格，涉及军械的，由工部制定采购价，需民间采购的，由需提交秘书处核准，
。秘书处会与地网沟通，确认价格是否合理，最后回复户部后采购。
紧急情况下，户部可先采购，然后再补流程。如天灾、战乱、瘟疫等，都是需要第一时间划拨物资应对的，国库大部分时候都储备有各类物资，但很多时候依然需要采购来补齐不足的部分。
除了处理军需，军部还负责各地军队的调度、战略的制定等，做好之后都需要提交兵部审核留档，机密情况可以报备皇帝，在宫中留档，不经过兵部。ωωw.cascoo.net
但兵部只负责各大主力军团的事务，各地常规驻军依然由兵部负责。
最后，就是最重要的一项改革，新增府一级行政单位。
因为官员数量的问题，新增府一级行政单位一直处于试行阶段，只在岳州试行，经过几年运转，效果不错，对地方的掌控力明显加强。
李琦在试行期间，制定了执政标准，哪些事务是各级政府有权利直接处理，哪些需要上报，都做了明确规划，逐级分管之下，各级行政机构的办事效率明显提升，还减轻了各级政府的工作压力。
当然，所有处理的事务必须上报留档，上级政府有权对下级政府机构进行监督复查，确保事务处理的没有问题，也尽可能杜绝徇私舞弊的情况，同时，各级政府会有检察官秘密寻访民间，对民情民意进行监察，监察结果需留档，在与地网的情报对比后，成为吏部官员评级和晋升的依据。
吏部的评级和晋升，都必须附带监察官和地网的对比材料，作为官员档案附件，缺少这一环节的晋升，一律不于批复。
李琦所做的这一切，都是为了更好的避免官员腐败和徇私枉法，尽可能的保障百姓的权益不受侵害。
几年试行，足以让李琦下定决心全面推行政府机构的改制，加上五年的科举考试和从各大书院挖掘的从属的培养，让李琦有足够的人才满足地方政府机构改制。
大夏历901年三月，经过一个多月的准备，大夏全面推行州、郡、府、县、镇五级政府的制度。
镇长为从七品，与县丞、县尉同级，拥有县内重大事务的决策权；
县令为正七品，为一县主官；
知府，正六品，为一府主官，辖区至少五县根据地形和特产分布等实际情况规划辖区；
郡守，正五品，为一郡主官，辖区大小不同，至少管辖三府之地；
州牧，正四品起步，一州主官，管辖一州之地，大夏目前只有八个州牧；（京州由京兆尹府衙管辖，位比州牧，但由中央直管）；
大一些的地方官府，品级可提升半阶；部分州牧会由三品官员担任；
六部佐官、主事、侍郎、尚书，品级从从三品至正二品，品级上州牧甚至不如六部的佐官、主事，但职权大，一旦升迁，会直接跃升至侍郎甚至尚书，一步登天，不是这些佐官主事可比。
至901年年末，大夏才初步完成了所有州郡的机构调整，各级官府的人员初步配置完成，但后续依然需要花时间和精力进行调整，以适应当地的实际情况。
而下放的各级官员，不少都是李琦的从属，且各州至少有一到两位英雄，用于人才的发掘和收拢，扩大从属的规模，同时他们还需要担负文职人员的培养职责，为征服大离做好文职人员的储备，确保占领的区域有足够的官员接管。
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