是派遣了九百艘高丽式战船。
当时其战船的大小没有现在战船大小规模。不要觉得太过夸张，误解。
江南战区的军事进展却比忽必烈预想的要顺利。显然，随着襄阳、樊城、临安等重镇的陷落，南宋朝廷已经失去继续抵抗的意志。
公元1276年2月5日，与中国北方政权对峙长达一个半世纪的南宋政权基本落下帷幕 南宋首都临安城陷落，七岁的宋恭帝和谢太后在惊恐中向元朝投降。
从海路逃离临安的陈宜中、张世杰等人，又拥立皇太子为帝，改年号为景炎元年，在福建、广东等沿海地区继续抗元活动，并且他们手中也有一支不可小视的陆海军力量。
当中国大陆的战事没有结束之时，元朝无法调集充分的人力物力开辟大规模的第二战场。而当南宋已经基本平定，元朝当然要回过头来继续进行远征日本的工作。
公元1277年12月，对于忽必烈来说，高丽发生了一件不愉快的变故，可以认为是第二次东征日本前的一个小插曲。
在那里，有人密告高丽将军金方庆私藏兵器战舰，试图攫取高丽政权，并起兵反元。甚至连高丽国王对忽必烈的忠诚度也被人猜疑。因证据不足，一时未作处理。
第二年1月，与金方庆同朝为将又同样被元世祖倚重的高丽大将洪荼丘接手了这个案子。他与金方庆素来不和，双方矛盾的焦点在于权力的争夺。他以酷刑逼迫金方庆招供，在冰天雪地里金方庆“肌肤冻如泼墨”，但是金方庆这位身经百战的将军没有招供。
忽必烈没有听从洪荼丘的一面之词，将金方庆召回元大都，试图将金、洪二人矛盾作淡化处理，还给予高丽政府更多的自治权。这一年，他赐给高丽国王一枚“驸马高丽王”金印。
忽必烈未必对金方庆没有丝毫的怀疑，作为一个在马背上出身又试图以“汉法”治国的帝国元首，他很清楚人性是什么东西。臣属的忠诚与否，在很大程度上只是取决于皇帝的实力。
南宋抵抗势力终于在公元1279年2月被元军荡平。
崖山一役，南宋丞相陆秀夫背负八岁小皇帝跳海赴死，海上浮尸十万众，给南宋王朝彻底画上了句号。那位幼小的帝王和他的数万主动赴死的臣民，认为自己死得其所。
紧接着，忽必烈命江南的扬州、湖南、赣州、泉州四省建造军舰六百艘备征日本。
日本学者中岛乐章这样推测：“在第二次远征日本所用战船中，东路军九百艘战船全部由高丽建造，而可以得到确认的江南所造战船，仅有至元十六年(即1279年)的六百艘，其中泉州所造战船，仅有五十艘。且不论《元史》中没有记载的造船数，单从当时最大的海港泉州的造船数仅有五十艘这一点来看，新建造战船也不过数百艘。
而第二次远征日本时，江南战船总数竟有三千五百艘，其中大部分极有可能是元军截获、接管原南宋水军的战船 其中内河船舶又居多 由于内河战船吃水较浅，抗暴风雨能力较弱 ”
在下达造船命令之后，元世祖又召见南宋降将范文虎，问其东征方案。
作为一名战将和降将，范文虎当然想立即立下战功，但是他又试图通过和平的方式解决日本问题。他建议元世祖，在出征之前由他以南宋旧臣的立场再派一次赴日使者，希望能够说服日本来朝。忽必烈并不反对。
于是范文虎的两名使者周福和栾忠被派向日本，在6月下旬到达博多湾，为表示善意，他们甚至带了一名日本在华留学僧一起前来。
事实证明，这次出使行动是典型的狗尾续貂、自讨无趣之举，镰仓幕府已经杀过一批使者，北条时宗不在乎再杀一批。就连态度相对和缓的京都朝廷都认为“亡宋旧臣直奉日本帝王之条，诚过分欤!”
周福和栾忠在博多被斩首。
元世祖忽必烈也可能根本对这次出使没有寄予丝毫希望。
公元1281年正月，忽必烈召集阿剌罕、范文虎、忻都、洪荼丘等将领，亲自主持召开东征日本军事会议。
元朝最终确定设置征日司令部“征收日本行中书省”，并将东征大军兵分两路：一路以洪荼丘、忻都、金方庆为首，率蒙古、高丽、汉军四万人、舵工水手一万七千人，分乘战舰九百艘自高丽合浦出港;一路以阿剌罕、范文虎为首，率江南军十万人、战船三千五百艘，自宁波港出发，这批江南军队还受命携带农具、稻种，意图赴日屯田，以为长久之计。
两军约定于6月中旬在壹岐汇合，共同进攻博多太宰府。
2月20日，东路军诸将从大都出发，临行前，元世祖忽必烈特地对他们作了以下说明和要求：“始因彼国使来，故朝廷亦遣使往，彼遂留我使不还，故使卿辈为此行。朕闻汉人言，取人家国，欲得百姓土地，若尽杀百姓，徒得地何用。又有一事，朕实忧之，恐卿辈不和耳。假若彼国人至，与卿辈有所议，当同心协谋，如出一口答之。”
元世祖的