顺治二年(1645年)六月，清军占领南京后，多尔衮即以顺治的名义向全国发布了一道空前强硬的诏书，要求：“自今布告之后，京城内外限旬日，直隶各省地方，自部文到日，亦限旬日，尽令剃发。遵依者，为我国之民;迟疑者，同逆命之寇，必置重罪。”
这道措词严厉的圣旨很快传到了江阴县，江阴“风俗淳厚，敦礼让，崇气节，不屑以富贵利达为事”。尤其是江南人士自明初以来已日益强烈地意识到，自己的生存条件和状态与明王朝的统治政策密切相关。因此，明代中后期的江南人士普遍关心国事，其政治意识之强、热情之高，在中国历史上可谓空前。而且，与江南的其他城市相比，江阴还是商业重镇和交通枢纽，汇聚了不少慷慨任侠的尚武之士。
同年六月，清政府刚任命的江阴知县方亨履新到任。可能是方亨到任时还没接到从京城发出的剃发令，这位清政府的地方官员穿的还是明朝官员的服饰。方亨到任后，立即召集父老及县衙吏胥，问：“他们为何不交出户籍档案?”有关人员立即送上，方亨派人送往南京。这一细节表明，江阴人在面对崇祯自杀、明朝灭亡，以及随后的弘光被俘、南明瓦解的剧变时，并没有过多的关心，更没有表现出一丝一毫的愤怒，似乎改朝换代的事与他们的生活没有太大的关系。
然而风云突变，就在于那道从京城送往各地的圣旨。就在民间开始不安地传言新政府要求全国人民均行剃发时，这个传言被证实了。管辖江阴县的常州府宣谕豫亲王多铎的钧旨：“江阴县限三日内全部剃发。”这是顺治二年六月二十七日的事情。
方亨可能感觉有些突然，但还是不折不扣地执行了来自最高层的决策。次日，他令有关人员将剃发令四处张贴。当江阴士庶获知杀气腾腾的剃发令后，公推了几个代表向方亨请愿。方亨摆出县太爷的派头，对代表们大骂不止。代表们反唇相讥：“汝是明朝进士，头戴纱帽，身穿圆领，来做清朝知县，羞也不羞，丑也不丑?”方亨语塞，无言以对。
两天之后的闰六月初一早晨，方亨再次接到常州府要求严格执行剃发令的公文。这份公文中，顺治的圣旨被归纳为：“留头不留发，留发不留头。”方亨令书吏将此文件缮写后公布，书吏掷笔于地说：“就死也罢!”
常州府的命令迅速传遍全城，引起民众的极大愤怒。一批平时操练拳脚、常以侠气自诩的青年人携带兵器，鼓动群众前往县衙找方亨理论，一时间，应者云集。见此局势，方亨强作镇静喝令衙役收缴众人兵器。众人不肯，双方发生争执。这时，方亨的老师派仆人来向方亨贺喜，祝贺他当上了江阴县令。谁知这个不识时务的仆人竟指着众人大骂：“你们这些奴才们，个个都该砍头。”愤怒的民众一边骂他是降贼，一边奋臂殴打，一顿拳脚之后，仆人当场死亡。方亨害怕了，假意答应众人向上司请求免予剃发，暗中却派人给常州太守送信，并嘱守备飞报征剿。
方亨的两面派手法很快为民众所知，众人大怒，拥入方亨府第，用一条毛巾系在方亨的脖子上，威胁说：“汝欲生乎?死乎?”随即将方亨拘禁于宾馆。
拘方亨次日，江阴人已经普遍认识到一个毫不乐观的问题：哪怕说服方亨乃至常州太守请求不剃发，也丝毫改变不了新政府全民剃发的决心，那么唯一的办法就是使用武力。于是，江阴数万士民宣誓起事，推举典史陈明遇为首领。至此，为期81天的反剃发运动拉开了帷幕。
陈明遇当了半辈子不入流的典史，当江阴人把拒剃抗清的领导重任交付他时，他主持了几方面的工作：奖励忠勇之士;处死方亨及其家人，以绝内应;针对清军将领刘良佐的劝降，回复了一封豪气干云的信—如果清政府坚持剃发，“纵百万临城，江阴死守之志已决，断不苟且求生也”。
陈明遇是一个有自知之明的人，他的长处是厚道，与人为善，是一个值得信赖的忠恕之人，短处则是缺乏领导才能，尤其是军事领导才能。大敌当前，他想起了另一个人----阎应元。
和陈明遇一样，阎应元也曾任过多年江阴典史。但和陈明遇的敦厚不同，阎应元身上更显出一个将才的能力。在江阴典史任上时，他曾率兵丁抵抗海盗顾三麻子数百只战舰的进攻，使其不敢再犯江阴。江阴人感其再造之恩，把他的肖像供奉于社学中。按理，像阎应元这种立下大功的小吏，朝廷应当大行褒奖，但仅把他升为广东英德县主簿。如此优秀的将才，却沉于典史这种不入流的下僚，而军国大事执掌在一帮颟顸无能的肉食者手中，明朝的灭亡，一点也不奇怪。阎离任后，由陈明遇继任江阴典史之职。
当陈明遇派人找到阎应元时，阎应元爽快地说：“如果你们听我的安排，我就同意。”众人皆表示会唯命是从。于是，阎应元率家丁40人，在闻讯赶来相助的几千名乡兵的帮助下，杀进孤城江阴。从此，他再也没有离开过这座几十天后将陷入血泊与绝望的孤城。
作为江阴抗清义军总指挥，阎应元不负众望地显露出了他卓越的领导才能和军事谋略。阎应元挑选年轻力壮的士民和原有的民军，重新进行整编，命武举人王公略守东门，把总汪某