武帝的疾病是因为“巫蛊“的原因。汉武帝就派江充审理，又派按道侯韩说、御史章赣、宦官苏文等协助江充。江充先惩治后宫嫔妃，然后开始对皇后和太子下手。江充故意在太子的宫中掘地三尺，太子、卫后的宫殿被挖得连放张床的地方都没有，最后江充把早就准备好的木偶人，一本正经地从太子的宫殿挖出来，并向汉武帝禀报情况。
太子知道是江充陷害自己，就按照自己老师石德的意见，发兵抓了江充，并亲手杀了他。宦官苏文逃到甘泉宫，向汉武帝报告说太子造反。汉武帝一开始不相信，派人去召太子，但是派出的使者不敢去，就回报汉武帝说，太子真的造反了。汉武帝大怒，派丞相刘屈发兵讨伐太子，双方在长安城中苦战五天五夜，血流成河，最后太子兵败，逃出长安自杀身亡。汉武帝立即收走卫子夫皇后御玺，卫子夫知道儿子自杀后也悬梁自尽，一生温柔敦厚的卫子夫走完了她38年的皇后之路，而盛怒之下的汉武帝大开杀戒，屠灭卫家三族和帮助卫家的宫人达十万之多。
历史上对卫子夫的评价也多是“汉武帝的贤内助“，卫子夫从女奴成为皇后，陪伴了汉武大帝38年，在这38年中，汉武帝完成了他一生中几乎所有的伟业，为后人称颂。
作为一个伟大男人背后的伟大女人，终其一生，卫子夫并没有什么值得特别歌颂的功绩，但是因为她的存在，卫青这样的小马奴，霍去病这样的私生子，才有可能登上等级制度森严的汉朝政治舞台，天大的才华得以发挥，为汉武帝开疆辟土，东征西讨建下赫赫战功。然而，卫子夫成为母仪天下的皇后，并没有改变女性在历史朝流中的弱者身份，还是成了男人权力的牺牲品，因为儿子的冤案而自尽，不得善终，终成遗憾。