促许之渐举揭汤若望，反对天主教。于七月二十六日，又写《请诛邪教状》一文，再赴礼部呈递，正式控告汤若望有三大罪状：一是潜谋造反，二是邪说惑众，三是历法荒谬。又将《天学传概》一本、《邪教图说》三本、《正国体呈》稿一本、《与许之渐书》稿一本，以及金牌，绣袋，会期等物，一并递呈礼部，要求依律将汤若望正法。清廷从三年八月初六日至四年七月，用将近一年的时间审理此案，最后作出了禁止耶稣会士在中国传播天主教的决定。并拘审捕外省传教士30余人解京。判汤若望绞刑。由于当时北京接连五天发生地震，加之“太皇太后(孝庄)力主开释”，汤若望才免于一死。清廷又恐传教士们仍然传教，收徒，建堂，也严加饬交继任各官防范。这就是康熙初发生的有名的“教案”，
康熙五年(1666年)8月15日，汤若望逝于南堂，享年75岁。康熙八年(1669年)9月，汤若望得到彻底昭雪，恢复“通玄教师”之名，1669年12月8日，康熙帝赐地重葬汤若望于利玛窦墓旁，御赐祭文一篇，镌刻在汤若望墓碑的反面，从“鞠躬尽瘁，恤死报勤，国之盛典”等用词足以见中国一代明君对这位来自万里之遥、莱茵河畔的德国传教士高度的评价和认同。