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圣诞节假期过后，霍格沃兹还是笼罩在一片阴霾之下，麻瓜出身的学生人人自危，生怕下一个被石化的就是自己。
波特三人在得到了马尔福提供的线索后又通过寻找询问成功得到了那个不幸死去的学生的信息和最后被发现的地点——二楼的废旧女盥洗室，也是赫蒂被发现的地方。
几次前去，除了一个叫哭泣的桃金娘的鬼魂外，波特都没有发现其他有价值的线索，直到一月底，他在这儿捡到了一本日记。
2月14日是情人节，但今年的情人节格外的冷清，因为密室的原因，可这依旧抵挡不住洛哈特收到了一大堆的情书和礼物。
这个虚伪又自恋的所谓黑魔法防御教授，就没有好好上过一节课，反而对如何吹嘘和炫耀自己非常的在行。除了他的粉丝外，已经没几个学生喜欢这个教授了，就连其他教授也都对洛哈特颇有意见。
洛哈特举行了一个情人节的庆祝活动，而波特收到了一封匿名的情人节贺卡和一首歌曲，令他无比生气的是，洛哈特竟要求他也当众读出来，就像他自己在一个个读粉丝所送的情书。
这对于波特来说是极其糟糕的一天，可这天也令他发现了那本捡回来的日记的秘密，只要在上面写字就会有人回复。
波特开始向日记询问关于密室的事，日记里的灵魂带着他查看了自己的记忆。
50年前，在那个学生被发现死了后，这个灵魂——里德尔发现了仍然是学生的海格养了一只名叫阿拉戈克的蜘蛛，他认为这就是造成密室事件、杀死学生的罪魁祸首。
攻击事件还在继续，越来越多的学生被发现石化，霍格沃兹已经面临闭校的局面，魔法部部长派人带走了邓布利多，并把海格作为嫌疑犯抓进了阿滋卡班。
波特和韦斯莱穿着隐形斗篷赶在海格被抓前询问他有关密室的事，但他只来得及告诉他们跟着蜘蛛就能找到答案。
波特和韦斯莱跟着蜘蛛进入禁林，见到了阿拉戈克。阿拉戈克告诉他们，自己并不是五十年前杀死学生的凶手，而密室中的怪物则是它们的死敌。
然而，阿拉戈克的子女蠢蠢欲动，它们想要把波特和韦斯莱吃掉，但他们在开学时弄丢的会飞的福特安格里亚车的帮助下，成功逃出了禁林。可等到他们回来后便发现了另一个噩耗，赫敏也被石化了。
他们来到医疗翼看望赫敏跟赫蒂时，发现了她手中紧捏着一张被撕下来的书页，可就在这时，更让人害怕的事情发生了。城堡的墙上出现了一行字，写道“金妮·韦斯莱已经被带进密室，而且她的尸骨将永远留在密室”。
波特迅速来到了哭泣的桃金娘的盥洗室，在这里，桃金娘终于愿意告诉波特跟韦斯莱关于她自己的死因。这也揭开了50年前尘封的密室杀人事件，她就是当时那个死去的学生。在桃金娘的帮助下，波特顺利找到可了密室的入口。
可邓布利多和海格都被抓走了，波特两人便想要找洛哈特来和他们一起进入密室，毕竟洛哈特曾经经历过这么多惊心动魄的冒险。
可没想到，波特两人到洛哈特时发现他正准备逃跑，在两边争吵时，令波特终于发现了却洛哈特实际上只是一个盗用他人成就的骗子。尽管如此，他们还是抢走了洛哈特的魔杖，逼迫他跟着他们一起行动。
来到地下后，洛哈特趁两人不慎直接抢过韦斯莱的魔杖，他试图清除两人的记忆，但韦斯莱的魔杖毁坏了发生了回火，导致洛哈特自己的记忆被清除了。
但时间紧迫，波特跟韦斯莱也没有时间再管他，两人就这么继续前进。终于，他在发现了昏迷的金妮，还见到了自称是“记忆”的汤姆·里德尔。
波特在从和里德尔的对话中得知，密室是金妮在里德尔的控制下开启的，他现在之所以可以离开日记也是靠吸取金妮的生命。而这个汤姆·里德尔，就是之后的伏地魔。为了在离开学校后仍然能打开密室，伏地魔在日记中保存了一个十六岁的自己。在五十年前，也是他将海格陷害的。
里德尔在坦白完这些便放出了蛇怪，希望让它杀死波特。但好在邓布利多的凤凰福克斯及时带来了分院帽，波特从帽子中抽出了格兰芬多的宝剑，杀死了蛇怪。但与此同时，一颗蛇怪的毒牙也扎进了哈利的胳膊。波特趁着意识清醒，用断掉的毒牙摧毁了日记，唤醒了金妮。而凤凰的眼泪也帮哈利治好了蛇怪的咬伤。
密室到这里也算彻底结束了，等到波特三人从密室成功出来后才想起来最初的问题，这本里德尔的日记究竟是怎么被金妮一个小姑娘这么轻易就得到了？
家养小精灵多比及时出现，暗示了波特，从而引出了马尔福的父亲卢修斯·马尔福，他在那次对角巷的洛哈特签售会上，故意将日记偷偷塞进金妮买书的篮子中。
而卢修斯见自己暴露了竟要直接杀了波特，却被多比给打断了，这也让波特更加确定，卢修斯就是食死徒之一。
他不禁想起马尔福，一个食死徒的儿子，注定就是个食死徒吗？如果是以前他也许会认为是，但现在，他也不能确定了...
二十两银子少是少了点，但放到现代也是八千到一万块。