然这两个院的负责人品级最高只有从二品，但不受议政和六部的辖制，直接对国王负责，所以影响力也颇大。
武职机构则有五军营、内三厅、训练院、镇抚营、捕盗厅、龙虎营等部门组成。朝鲜国实行文人治军，兵将分离，无定将无定卒，常备军规模非常有限。在去年的战事结束之后，李倧才接受了海汉的建议，打算组建战斗力更强的新军。
而目前除了兵曹判书申景禛之外，文职的堂上官几乎悉数都在城内，武官虽然有兵马节度使、水军统御使等高官在外，但由于朝鲜国独特的军制，他们没有接到来自朝廷的命令，就难以调集大量部队回京勤王。
当然关于这一点已经有了解决的契机，李凒回到朝鲜之后，便以王世子的名义向各个道郡县和各地驻军发出命令，要求他们终止与乱党之间的联系，不再接受来自汉城的乱命，并协助自己平定叛乱。