天文十五年，六月十日。一度横行于越中四郡的神保家在越后上杉家的打击下节节败退，再也没有了昔日的威风。
尽管神保长职当机立断，决定立即从鱼津城一带撤军返回自己的本据富山城，打算及时止损，尽可能的保存实力，以应对越后上杉家的侵攻。
但是为时已晚，上杉政虎在攻落天神山城之后，便令山本寺定长留守在天神山城、桃井义孝留守在境城、大熊朝秀留守在若栗城，以确保越后上杉军的退路和粮道通畅。
之后，政虎则是率七千余军势立即从天神山城出阵，奔赴新川郡中部，会同椎名康胤所部后一路趁胜追击，很快便在上市川一带追上了正在撤退中的神保军。
此时的神保长职正在率部渡过上市川，在半渡之际，上杉·椎名联军突然对神保军发起了猛攻，猝不及防的神保军再次大败，自相践踏，乱作一团，被上杉·椎名联军杀溺殆尽，光是溺毙于河中的就有上千人。
神保长职在面对上杉·椎名联军的追击，只能下令各部立即放弃所有的战马以及辎重，与上杉·椎名联军展开步斗，以及令寺崎行重、小谷六右卫门等家臣担任殿军断后，这才确保残余军势渡过上市川。
而神保长职也没有料到，自己与寺崎行重、小谷六右卫门等家臣于上市川分别之后竟然成为了永别。
寺崎行重、小谷六右卫门等人以殿军的五百军势朝着上杉·椎名联军发起了决死突击。虽然神保军一度击溃安田景元、福王寺孝重、椎名康胤等部军势，但是原先被击溃的安田景元、福王寺孝重等人在收拢败军后直接迂回到神保军殿军的侧翼并发起突袭，结果在上杉·椎名联军的两面夹击之下神保军殿军军势几乎全军覆没。随后，寺崎行重被安田景元所讨取、小谷六右卫门被福王寺孝重所讨取，殿军的神保军更是被讨取四百余人。
经过境川之战、上市川之战，神保家领内的青壮以及麾下有力武将几乎丧失殆尽，再也不具备与越后上杉家、椎名家争锋的能力。神保家的家臣们以及旗下国人领主和地头武士们皆意识到神保家已经是一艘即将覆灭的破船，谁都不愿意在这条破船上与神保长职一起送命，于是他们都不约而同的选择了向上杉·椎名联军投降，最先投降的便是东新川郡才臣服神保家不久的国人领主和地头武士们。
就在上市川一战过后，弓庄城城主土肥政良、堀江城城主土肥政忠、佛生寺城城主细川越中守等人纷纷向上杉·椎名联军投降。
上杉政虎本着只诛首恶的原则，对主动投降的土肥政良、土肥政忠、细川越中守等人相当的宽容，不仅接受了他们的投降，还让他们继续本领安堵，只需率本部军势随同上杉·椎名联军一同行动即可。
有了土肥政良、土肥政忠、细川越中守等人的示范过后，新川郡各地原先隶属于神保家旗下的国人领主、地头武士们纷纷向上杉·椎名联军投降，使得新川郡大部分地区瞬间易帜。
之后，溃败的神保军接连数天没能得到粮草辎重的补给，一路上饿死、逃离队伍的不计其数，最后撤回神保领的残部仅剩下五百人。但是，小出城城主唐人兵库正（武部兵库正）却拒绝了神保长职的入城，看在神保长职是昔日的旧主份上，唐人兵库正也并不打算为难他，仅仅在小出城城头上目送他和麾下的残兵败将们白岩川前往莺野城。随后，唐人兵库正便向赶至小出城城下的上杉·椎名联军投降了，并且以自己的儿子唐人亲广为人质送至上杉·椎名联军的军中。
然而，令神保长职万万没有想到的是，一直作为神保家后方的妇负郡、南射水郡等地也开始不稳定起来，神保家的重臣们也都开始纷纷自谋生路。
就在土肥政良、土肥政忠、细川越中守、唐人兵库正等人先后投降上杉·椎名联军之后，留守在富山城的神保家家老小岛职镇可谓是如坐针毡，他眼下也有了投降上杉·椎名联军的想法，只不过眼下正苦无门路，找不到合适的机会。
但是说来也巧，上杉政虎为了迅速平定越中四郡好腾出手来出兵佐渡平定佐渡正在蜂起的一向一揆，故而派遣麾下旗本众中的大崎泰继、田原近典等人和椎名家家臣冈崎义村、小幡和泉守（椎名家家老，升方城城主）等人四处招降神保家的家臣以及神保家旗下国人领主、地头武士等。
等到小幡和泉守前往富山城向小岛职镇陈述利害关系，并劝说他立即归降上杉·椎名联军。机会就在眼前，小岛职镇哪里有不接受的道理，立马顺势向上杉·椎名联军上书请降了。
而此时进入莺野城的神保长职并不知道留守在富山城的小岛职镇已经暗中投降了上杉·椎名联军，更不知道富山城一带无兵可调，难以东山再起。
天文十五年，六月十六日。一直疲于奔命、节节败退的神保长职在莺野城好不容易获得粮草补给并得到休整过后，便打算征调富山城留守役小岛职镇、大村城城主辔田雅正（越中五大将之一）、猿仓城城主寺岛孙右卫门、城生城城主斎藤利基、上熊野城城主二宫长恒等人的军势，准备攻打已经倒向上杉·椎名联军的越中细川家，促使东新川郡的国人领主、地头武士们就此回心转意，重返神保家的旗下。