二代的剧情相对简单，游戏主角艾萨克被送到了土星某卫星的轨道站上进行研究，因为他们都是曾经与红色神印直接接触过但没有变异的人。
然而实际上泰坦空间站本身就是神印的一个实验基地，随后泰坦上的实验失控，一部分实验者都变异成为尸变体。
在二代里的神印已经开始变得邪恶，它利用艾萨克对自己女友的感情想要入侵艾萨克的大脑，却被艾萨克摧毁。
到了第三代，游戏来到了外星球，那是一个完全被冰冻的星球。该星球的原住民（长得像蚂蚁一样的人型生物）显然是被神印所诱惑。
它们复制出了无数的神印并疯狂使用神印提高自己的科技文明，后面当神印开始收割它们的时候，幸存的外星人选择的同归于尽（通过冰封了整个星球的方式）。
备注：不是为了毛文字，主要是向一些没有玩过该游戏的读者解释游戏的背景。另外因为某些特殊原因，统1教没法写统统用统one教替代。