新军经过三个多月的操练，已然脱胎换骨，只需经过战场磨砺，自会成为雄师。
棠溪送来的斩 马刀千把，长枪千杆，钢矛二百只，箭簇四万枚被杨安玄分配给各郡装备。
雍州兵马士气高涨，无不祈盼战事早些到来，好立功升迁。
杨安玄没有急着竖起反对桓玄的大旗，而是暂时将目光投向秦魏两国的交战上。
秦魏两国的战事进行得如火如荼。后秦天王姚兴让太子姚泓留守长安，命尚书令姚晃辅，车骑将军没弈干镇上邽防后凉，广陵公姚钦守潼关。
以义阳公姚平，尚书右仆射狄伯支率四万大军为先锋，姚兴亲率大军十万攻打北魏。
北魏天子拓跋珪以毗陵王拓跋顺、新任北魏的豫州刺史长孙肥率六万轻骑为前锋，也亲率大军十万迎击后秦兵马。
杨安玄暗暗咂舌，秦、魏两国底蕴雄厚，动辄发动十数万大军，轻骑五六万，这是灭国之战。
秦、魏两国出动十数万兵马永安相遇，姚平不敌退走，据柴壁城固守(1)，北魏将城围住，后秦天王姚兴率五万兵军押运粮草，准备从天渡渡汾水，前去柴壁营救。
拓跋珪下令筑墙，对内阻止姚平军突围，对外防止姚兴军救援。
北魏广武将军安同献策，搭浮桥过汾水，于东面的蒙坑高处筑墙，扼守姚兴军前行之路，拓跋珪采纳。
当姚兴军抵达蒲陂之时，看到魏军军威强盛，又于高处筑墙，姚兴深感畏惧，驻军于蒲陂城，不敢进攻。
秦、魏战事胶着之际，建康城尚书令桓谦上疏，请进封太尉桓玄。
天子下诏，以平定司马元显之功封桓玄为豫章公，又以平定殷仲堪、杨佺期有功加封桓玄桂阳公，原本的南郡公依旧保持。桓玄将豫章公转给儿子桓升，桂阳公让给桓伟之子桓俊。
八月，孙无终于山阳击败刘轨、司马休之、高雅之等人的联军，刘轨等人逃走，逃至陈留时众人商议投奔何处。
起初，众人有意投奔北魏，后听闻崔逞被杀之事，觉得魏主不能优待士族，决意另投他处。
刘敬宣提议投奔雍州杨安玄，刘轨称杨安玄与桓玄势不两立，桓玄随时可能兴军讨伐雍州，以雍州之力难以抗抵。
最终，刘轨、司马休之、高雅之、刘敬宣等人决定投奔南燕，而袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等北府将领则投奔后秦。众人相约将来若能得势，定率军南伐雪耻。
刘轨等人虽然败逃，桓玄感觉北府军终究是个心病。普通兵丁听从将领指挥，要想将北府军掌握在自己手中，但要除去北府旧将。
于是，桓玄以私通刘轨等人罪名诛杀吴兴太守高素、辅国将军竺谦之，高平相竺良之、辅国将军刘袭及其弟彭城人史刘季武等人。
建康士族对桓玄杀死北府旧将的反应平淡，自王恭兴军始，北府军就被建康士族视为麻烦。
得知桓玄对北府军将领举起屠刀，江都长张诞等人纷纷弃官叛逃，丁全、黄喜四处找寻北府逃将，张诞等人有不少投入到雍州军中，充实了雍州的军事、民政力量。
击败卢循后，刘裕回到京口，他是被右将军桓修征召为抚军中兵参军。对于桓玄诛杀北府旧将，刘裕不敢做声，暗自神伤。刘牢之死后，北府军有如一盘散沙，如何对抗桓玄。
未被诛杀的北府旧人个个惶恐不安，暗中找到刘裕商议。何无忌是刘牢之的外甥，刘牢之身死之后被桓玄禁锢，闲居家中；孟昶，镇北府主簿，罢黜在家。
刘裕让众人暂且隐忍，找寻门路再起，等待时机。随着北府旧将或死或走，刘裕无形中成为了北府军新一代的领军人物。
九月，拓跋珪率大军三万于蒙坑与姚兴交战，斩杀上千人，姚兴退走四十余里，不敢再战。
十月，柴壁城中粮草吃完，箭只用尽，姚平于子时率兵马开南门突围。汾水西岸，姚兴命人燃起烽火，擂动战鼓，做出进攻之势声援姚平突围的兵马。
拓跋珪下令严守高墙，秦军靠近则进箭射。姚兴希望姚平力战突围，姚平则希望姚兴发动攻击接应，结果双方声嘶力竭，却无人敢向高墙后的魏军发动进攻。
姚平见无法突围，无奈之下只得率部下投汾水，拓跋珪下令下水搜捕，姚平溺死，尚书右仆射狄伯支、越骑校尉唐小方等人被俘，东岸两万余秦军束手被擒。
姚兴在汾水西岸，眼见麾下走投无路投水被俘，数次派使请求和解，拓跋珪拒绝，乘胜进入蒲陂。
恰逢柔然国攻打魏国，拓跋珪这才率军撤走。姚兴还师，下令强迁河西豪门大族一万余记至长安，充实京城。
回到长安后，姚兴召见北府降将辅国将军袁虔之、宁朔将军刘寿、冠军将军高长庆、龙骧将军郭恭等人，询问东晋虚实。
袁虔之认为桓玄凭借父叔的威望，侥幸掌握了政权，但骄奢残忍，德不配位，欺凌天子，任用亲族，意在篡位，致使人心尽失，力劝姚兴兴兵南伐，夺取疆土。
然而后秦与北魏柴壁大战精锐损失惨重，根本无力南下，姚兴对袁虔之等人进行封赏后，不再提南伐之事。
建康，桓玄收到刘轨等人投南燕，袁虔之等人投后秦的消息，