入周志飞门下。不久，五云门与教廷一战，谢玄战死，周志飞继承首座衣钵，但紫云峰人才凋零，南宫云更是帮着师父呕心沥血，才渐渐稳定了局面。经过潜心修炼，他也习得了紫云剑法的精妙，突破了玄境境界后成为紫云长老，师父两年前坐化，他便继承了紫云首座衣钵。
这中间，也就是十五年前，潇湘宗屠戮琴台宗，杀了他的挚爱，也就是南宫萍的母亲，几乎屠尽了琴台宗门人家眷。南宫云想要报仇，但一个南宫云的实力又如何报仇？明眼人都知道琴台宗被灭，谁才是真正的幕后黑手，因为是帝国内部事务，教廷也不好插手。五云门和南宫世家就更不可能了，何况南宫世家本就和琴台宗不对付。南宫云和女儿南宫萍赶去琴台宗，和宗门劫后余生的部分亲友埋了门人尸骨。
他没有找到谢紫丹的尸身，去了谢紫丹昔日的房间，想带回了部分遗物以作纪念。凌乱的房间，提示着不久前这里的大战。无意中，他发现一个木箱，箱底下，竟然还有当年他送她的定情之物——一把紫红色的软剑，紫红色是属于她的颜色，是当年他花了好大的代价才从一处拍卖行购得。看到剑的那一刻，他知道，她的心里一直有他，因为那只剑，崭新发亮，只有时时拂拭才能做到。那天，他悲愤着怒吼，他想报仇，可是他却无力，亦如当年，他和她，想在一起，却不能。上天给了他一位神仙般的佳偶，却剥夺了他常人的生活。
时间是生命的刻度，有你在才算数。紫红软剑被他收起，后来，成了萍儿的佩剑。