本性的区别。回法主张个人拥有财富，创造财富，诸回回官员将其运用于国家之上，导致了他们对“包税制”、国家垄断等可以“开利源”政策的偏好；而这恰好和儒家主张的民本和“藏富于民”的思想相背离，因此两者在对中原汉地如何进行统治时发生了尖锐的冲突。
再者，在官员自身道德修养上，崇尚程朱理学的汉人儒士主张“修身治国平天下”而以修身为本，但是大部分回回理财官员往往是“亦官亦商”，以官为商，因此食利是他们最大的追求，故回回官员多贪赃枉法、恃宠邀权、党群为奸，这也是造成汉人汉法派官员和回回法官员之间水火不容局面的一个原因。
此外有元一代的回汉冲突也是由于蒙古贵族的统治政策所决定的。蒙古人人数不及汉人的二十分之一，要完成对汉族地区的统治、保持自己的民族特点，蒙古人不仅需要汉族士大夫参与政权中，也需要用回回人来平衡汉人政治势力，实施以回回人治汉地，而以汉人治回回地的统治理念却贯穿了整个蒙元时代……