晋藩的军队在耿继茂屁股后面一路猛追，逼迫其放弃所有的军需物资和重型装备，特别是在增江边，顾荣率领的内河舰队的一支，仅凭舢板就是突袭了靖南藩打造的浮桥渡口，七座浮桥烧毁了五座，让三汉藩的渡河能力大为降低，未免全军覆灭，三汉藩连战马都是弃了，让士兵先渡江前往广州，晋藩在增江东岸光是战马就缴获了一万七千多匹。
四月中旬，刘文秀和杜永和两部合兵三水县，把两广总督李栖凤部团团围困，李明勋与李定国亲率盟军抵达了广州城北，半个月的时间，盟军在广州周边聚集了超过八万精兵，而敌对的三汉藩加两广总督部加起来也只有不到六万人，抗清力量取得了兵力和技术的双重优势。
广州围城战暂未开启，陆军集中重炮支援三水，先打下三水，将盟军合兵一处，而海军则与明军各部水师一起，清理珠江航道，为广州围城战打造成本最低也是最便捷迅速的后勤手段。
清军依旧在反击，对内河舰队造成困扰的不再是同样驾驶桨帆船清军水兵，而是本地的水鬼和汉藩释放的火攻船，清军在渔民之中招募水鬼，重赏之下，不少渔民应募，手持凿子和锤子的水鬼潜伏在航道中，凿沉战船，一艘舢板便是能换五十两银子，尚可喜给加列船开出了一千两的高价，可是柚木打造的加列船不是水鬼可以轻易凿穿的，但水鬼也造成了很大的损失，黄蜚把擒杀的水鬼不论死活的挂在加列船两侧示众，还派遣士兵上岸，把水鬼的亲属一股脑全抓了砍头，血腥震慑住了贪婪，水鬼威胁变小。
而火攻船与海战中使用的不同，这些由渔船、筏子改造来的火攻船上根本没有人，装满了可燃物点燃顺流而下，大部分时候，都无法造成损伤，加列船会用重霰弹击沉火攻船，而舢板小船要么躲避，要么用长杆推开，倒霉的是临水而居的本地居民，不少人家的船只、房舍就在河边，被四处乱行的火攻船点燃不少，惹的民怨沸腾。
对付水鬼时还铁血无情的黄蜚祭出重赏的法宝，但凡拖拽一艘火攻船到岸边销毁，便能领取二十两的白银，一时间，珠江主航道里，上百艘民船出没，等着广州方向飘出火攻船。
汉藩没了招数，只能撤退，黄蜚率领内河舰队北上，直扑猎德炮台，这座炮台驻扎了近千清军，以绿营为主，陆战队还未出手，猎德炮台便是投降了，登陆的琼藩水兵一看，炮台里没有几门火炮了，大部分的火炮送往了海珠、海印两座炮台，那是广州下游最后一道防线。
两座炮台都是江心岛，而且不是沙洲是白垩纪时期的巨石，清军围绕海岛修筑了城墙，在礁石上布设了炮台，两岛周边还有隐藏在水面下的礁石和各类浅滩漩涡，别说风帆战舰，就连快蟹都轻易靠近不得，平靖二藩分别驻守一座炮台，劝降是肯定不行了。
陆军出动了工兵参与了进攻，在重炮不能发挥威力的情况下，爆破是唯一的道路，最先遭遇攻击的是海印石上的东水炮台，工兵趁夜对围岛城墙进行了爆破，因为使用的是缴获清军火药，所以用量充足，不仅炸塌了城墙还把万历年间建造的海印阁震塌，大量汉藩兵死于爆炸产生的冲击波和巨响，就连广州城中都引起了骚乱，爆炸之后，掷弹兵等上炮台，把混乱中的清军杀死。
对海珠石爆破就没有这么顺利了，清军加强了戒备，但海珠石长不过百米，最宽处也不过五十米，驻扎的士兵不多，各部采取佯攻、爆破等手段连番骚扰，每次都由猎兵出击狙杀清军，连攻半个月，清军死伤过半，又得不到支援，最终被琼藩的水兵淹没，与海珠石一起攻破的还有三水县城，如此，目标只有广州一城，珠江水道完全对盟军一方开放。
而彻底取得水上控制权后，各路大军集结一处，围攻广州城，这个时候，琼藩与合众国出现了第一次重大分歧。
按照约定，广州作为晋藩的藩地，晋藩应该是进攻的主力，如今晋藩汇聚在广州城下的兵力超过三万，也能担当起主力的责任，显然，担当主力就要承担最大的伤亡，为了避免无谓的伤亡，李定国倡导劝降三汉藩。
李明勋不反对劝降，但在条件上，双方分歧很大，按照合众国的法律三汉藩上到藩王，下到普通的藩下兵，全部都是汉奸，其本人和家属都要受到审判，佐领以上的将军是必死的，其余也有劳改和流放的惩罚，当然，如果在战争中投诚，可赎其罪，普通的士兵只会被抄没家产罢了。
而对于绿营来说，条件要宽松的多，主动投降就会获得自由，保全妻小私财。
显然，这种条件是无法让三汉藩投降的，李定国的条件就宽泛很多，投降免死保其妻小平安，家财如旧，至于那些汉藩将领，也可以在明军序列中任职，即便是耿、尚家族，也可以在云贵获得一片领地，世袭罔替。
晋藩与合众国的条件差距太大了，好在双方都不能离开对方单独收拾三汉藩，因此也没有撕破脸，最终还是林士章从琼州府赶来调停，林士章以退为进，不管双方的条件，直接派人去广州联络，问三汉藩的条件。
尚可喜一开始提出的条件很狂妄，可以投降，奉永历为天子，宣布向大明效忠，但需要广东全省作为藩地，当然，也可以宣誓向合众国效忠