便是抵达了日本长崎，一行三十二人的使团在唐通事的引荐下成功见到了德川幕府在长崎的最高长官——长崎奉行。
赴日使团的来意让长崎奉行大为吃惊，他怎么也想不到，这个使团是以中华合众国的名义前来建交的，这就催生了一个巨大的问题，那就是日本仅仅允许明国和荷兰商人在长崎进行贸易，以往合众国的商人都是‘假冒’明国人进行贸易的。
长崎奉行第一时间拒绝了林河的要求，但是林河提交了一份合众国在日经商人员及团体的名单，长崎奉行一对照发现，在长崎的大部分唐人都是持有中华合众国公民身份的商人，也就是说，如果德川幕府不承认中华合众国，并且按照既定的锁国国策与非明国、荷兰商人断绝经贸往来的话，那么前来长崎的商船就会减少七成，而贸易量要减少近八成，最关键的是，现在长崎的所有大宗贸易，包括棉麻纺织品、毛皮、粮食、铁器都掌握在合众国商人手中。
简单的说，如果失去了合众国这个伙伴，日本对外贸易能输出的只有金银铜等贵重金属了，而能得到的商品也会少的可怜，毕竟大陆沦陷，从大陆已经带来不了多少生丝瓷器了，这些奢侈品目前的主要来源地也是台湾。
这个时候，已经不需要林河出面劝说了，这些年由对日贸易商人培植起来的买办阶层就已经表达了不满，显然从事实来看，日本和合众国都无法接受失去对付这个商业伙伴的结果，而这也不是一个小小的长崎奉行就可以解决的问题了。
更何况，除了建交、贸易之外，还有虾夷岛争等完全超出长崎奉行职权范围内的议题，无奈之下，长崎奉行通知了江户的德川幕府，最终赴日使团得以获得前往江户拜谒日本征夷大将军的机会。
林河一行抵达江户，先是居住在驿站之中，被严格限制了人身自由，显然，闭关锁国多年的德川幕府对中华合众国不太清楚，仅仅知道其大本营在台湾，在北海也有领地，至于中华合众国在东方的地位和具体实力，就需要了解了。
德川幕府用了一个多月的时间了解这个新的对手，最终林河顺利见到了日本征夷大将军。
建交是很顺利的，日本的对外贸易对象的限定并非拍脑袋的决定的，只许与荷兰这个欧洲国家贸易，是因为葡萄牙人和西班牙人对传教太执着了，而大明是传统贸易对象，至少在十七世纪，日本对大陆上的中原皇朝还有极大的敬畏，对中华民族这个自己的文化养父也更为崇拜。
虽然中华合众国不是大明，但至少是以汉民族为主体的新国家，无论贸易商品的提供还是文化特性上，与原来的大明王朝没有什么两样，建立外交关系也是理所应当的。
只不过，德川幕府依旧坚持闭关锁国，拒绝了前往台北设立使馆派驻外交人员的建议，而只是把何斌的商馆升格为使领馆，两国之间的外交关系依旧由长崎奉行负责。
在明白明国和合众国并非一个国家之后，德川幕府没有表现出惊讶，在他们的眼里，唐人就是唐人，而长崎也没有明国使馆，为了区分两个唐人国家，对在长崎的华人进行了区分，分为明国唐人和中国唐人，后者自然是合众国的公民了。
双方相谈甚欢，林河也对德川家族及其御三家赠送了许多礼物，甚至派遣了一支由四个人组成的小使团前往京都，拜见了日本名义上的最高领袖，日本天皇。
当虾夷岛争的问题被摆上桌面，谈判陷入了僵局，林河按照事前与李明勋商议好的策略，先难后易，退让与妥协并举，然后不断的与大本营进行联络，顺利的把这次谈判拖延到了今年，到了正月中旬，林河拿出了合众国的底线。
合众国承认虾夷地属于日本松前藩，希望通过租借的方式获得在虾夷地的定居和开发权，合众国可以向松前藩每年上缴五万两租金，并且商定一个相对合理的税赋，向松前藩或者德川幕府交税（日本农民的赋税过高）。
这一提案在幕府引起了轩然大波，但几乎所有的幕府高层都选择了反对，日本小心谨慎和过度礼貌的性格让幕府的态度表现的有些暧昧，一度让林河以为谈判有门，但随着一个消息的传来，德川幕府明确表示了拒绝。
这个消息便是合众国在谈判期间继续向虾夷地进行大规模的移民，在谈判之前，虾夷地的中国人有三万余，但在谈判期间，这个数目翻倍，当然，这是德川幕府从松前藩得到的情报，实际上，虾夷地的中国人已经超过了八万，而在今年也就是永历二年（1648），虾夷地的中国人数量肯定超过十五万。
显然，谈判期间继续移民，希望造成既定事实对德川幕府进行施压，在幕府看来这是严重的挑衅。
见幕府拒绝，而且有通过增加贸易门槛来施加压力，林河退而求其次，答应撤出全国中国人，但要求松前藩或者幕府提供迁徙费用，这显然是幕府不会接受的，松前藩也没有这个实力。
在这个时候，林河与还在江南鏖战的李明勋通讯，询问李明勋的意见，而出乎阿海的预料，李明勋依旧坚持移民，并且告知林河继续拖延，永历二年便会有转机。
林河在报告中分析了赴日使团的所有工作，其在报告的最后总结道：尊敬的执政官阁下