本书承接了《喜羊羊与灰太狼之黑暗降临》的世界观，也是《黑暗降临》的续作。
《黑暗降临》前情提要:
小羊们期中考试后，为了放松，约上灰太狼一家去野餐。在野餐过程中，他们遇到了妙狗国奇兽二宝的求救以及新敌人音速太狼的攻击。
音速太狼是来自“贪狼国”的一位副将军，他的实力十分强大，懒羊羊拼尽全力但还是无奈地战败。在音速太狼要了结他们时，草原图书馆的图书管理员史蒂芬克出现救下了他们并击退了音速太狼。
从史蒂芬克和奇兽二宝那里得知，在羊村西北处一个遥远的地方有一个贪狼国。贪狼国已经打败并入侵了妙狗国，正准备进攻青青草原。
为了守护青青草原和帮助妙狗国，在史蒂芬克的建议下，懒羊羊他们踏上了旅程。在奇猫国和妙狗国的分叉路上，他们遇到了奇猫国的公主明日和皓月，并得知奇猫国也被贪狼国入侵了。于是他们兵分两路。
懒羊羊、喜羊羊、灰太狼、史蒂芬克前往妙狗国，沸羊羊、美羊羊、暖羊羊、明日、皓前往奇猫国。
懒羊羊他们来到妙狗国后，本以为妙狗国会陷入恐怖统治，却没想到驻守在这里的将军和他们想象的不一样。
几经波折，他们在妙狗国第一层由矿厂改造的发电站地下的牢房里救出了妙狗国国王、力将军和一些士兵，并带领着他们摆脱追兵并来到了花海，却不巧遇上了被关禁闭却偷偷溜出来的音速太狼。
音速太狼本想对他们兵戎相见，但在史蒂芬克的劝说下决定带他们去见狂将军。但异变突生，妙狗国封印的黑暗能量突发暴动，并机缘巧合下侵袭了音速太狼。这一战的战况相当惨烈，力将军战死，音速太狼同黑暗能量一起湮灭。史蒂芬克也不得不暴露了他的身份，贪狼国五大将军之首剑太狼。
值得注意的是，史蒂芬克虽是五将军之首，但并不是最强。驻守在妙狗国的狂将军才是五将军中最强的。史蒂芬克在三年前离开了贪狼国，来到青青草原，成为了草原图书馆的图书管理员。
花海下面有通往第五层的通道，他们借此来到了王宫里面，并决定分组行动。
但懒羊羊的运气不佳遇到了闪电太狼。
闪电太狼是狂将军麾下的另一位副将军。他十分尊敬音速太狼，并将其视为挚友。为了发泄心中的愤怒与悲伤，闪电太狼向懒羊羊发动了攻击。一番交战后，懒羊羊受了伤，闪电太狼的感情也没有那么强烈了。
这时，史蒂芬克和狂将军从他们各自的背后走出。
两狼交谈了一番，没想到他们竟是多年的好友。史蒂芬克代替懒羊羊向狂将军发起了挑战。狂将军同意了这个挑战并决定三天后开始。
三天后，狂将军和懒懒羊羊开始了对决。在懒羊羊快要输了的时候，史蒂芬克救下了他并与他共同对战狂将军。
狂将军和史蒂芬克共同谋划了一个计划，为了实现这个计划，狂将军故意死在了这场对战中。
临死前，狂将军向闪电太狼下达了最后一个命令:保护懒羊羊。
就这样，闪电太狼踏上了保护懒羊羊和解救奇猫国的路。
妙狗国与奇猫国失联了许久，妙狗国内仅剩的列车也在贪狼国左右护法抓捕史蒂芬克中炸毁了。好在统治奇猫国的将军鞭太狼的副将军易容狼易容成美羊羊坐着飞毯暗杀他们失败，才让他们快速前往奇猫国。
懒羊羊他们来到了奇兽国，这个被鞭太狼折磨得奄奄一息的地方。
他们在奇花镇的酸雨中找到了沸羊羊、美羊羊和暖羊羊，在寒冰镇的辐射中唤醒了被操控的明日，找到了皓月。并得了鞭太狼在进行一个可怕实验。在流沙镇打败了科技之城的机械人。当他们来到了水灵镇后，却陷入了梦境。
原来，水灵镇的水灵湖中栖息着一位上古神兽——鲸。
在经历过很多事情，他们摆脱了梦境，并击退了妄图控制神兽的鞭太狼。但鲸的肉身还是消失了，所幸鲸的灵魂活了下来，并帮助他们的奇力进行了升级。
在分别通过「无实之幻」、「无焱之火」、「无戒之雷」、「无根之水」、「无形之风」和别「无限之云」的考验后，他们也认为了毕方、夔牛、应龙等神兽。
获得了力量后，他们前往了奇猫国的王宫，却遭受了奇猫潮的攻击。
摆脱了奇兽潮的攻击后，他们到达了王宫。却不想明日皓月变得了奇兽，奇兽们也发生了暴动。
为了把明日皓月变回来，他们打败了地狱三头犬第一条命，却没想到被鞭太狼埋伏了一手，闪电太狼被迫与他们分开。
经过一系列战斗后，他们打败了暗黑巨龙拉冬，分裂蝙蝠兽百特和灰狼军团十三使，终于直面鞭太狼。
战斗到了后面，慢羊羊、狼将军等纷纷赶来。
本以为能获得胜利，却也没有想到这还是鞭太狼的诡计，在他们交战之际，贪狼国已经向青青草原发