游戏设定在现代都市。
高楼耸立，车水马龙。从高处往下看，忙碌的人们就像是巢穴里新生的蚂蚁。城市中央，金色的、巨大的佛像，用仁慈而悲悯的眼睛注视着这一切。
接着，轰然倒塌。
佛像的头颅被从脖子处整齐切断，施工队的工人们拥挤在断口处，如同蚂蚁在啃食新鲜的血肉般，忙碌着，拥挤着。
一处高楼的天台上，穿着校服的女生注视着这一幕，她伸出手，学着断裂头颅的佛像手势，做出了一个“说法印”。松动的袖口因此下滑，露出小臂上的刺青。
楼下已响起警笛，警车上蓝红灯光闪烁，明黄的警戒线拉开，高举着手机的围观群众被隔绝在外，而被腾出的区域，飞快地张开了白色缓冲气垫。
不知谁拿着高音喇叭喊着“不要聚集，退后”，声音带着噪点，接着是阵长长的、刺耳的嗡鸣。这声音将她从神思不属的状态中拉回，周围人的劝告和哭泣由此传入耳膜。
视线下移，她赤着的脚是站在天台边缘，有风吹过，水泥面滚落了小粒的石子。
宽松的校服裤子被风吹得略微晃动，她回过头，刚想上前一步的警员顿时不敢再动，口中劝道：“你先下来，有什么事咱们好好说！”
她并未回话，只是突然笑了出来，接着在所有人的惊呼声中，自顾自地在天台的边缘行走、跳跃，身姿轻盈，双臂张开，像是在跳舞，又像是在拥抱着什么。嘴里哼唱着柔和的曲调，面容陶醉。
游戏中能被玩家操控的主角女警，就是在此刻抵达现场。
旁边的上司拿着对讲机，询问下方的布置，问完后抬头：“让大家都后退，干扰警方救人怎么办？当事人家属通知了吗？在路上了吗？赶不及就打电话，各部门速度加快！”
说着，他又注意到这个穿着校服的女孩在哼歌，不自觉皱了下眉，问旁边的主角：“这什么歌？”
“摇篮曲。”女警脸上的神色有丝恍惚，接着又像是想到了什么，问旁边的警员：“有联系到当事人的母亲吗？”
“没有，不过她的奶奶……”
话没说完，一个满头银发的老人到了天台，看见眼前的画面，她声音尖利地喊了一声：“妮妮！”
这个声音如同按下了校服女孩的暂停键。她停下动作，面向众人。
“你给我下来！”老人想上前去拉，被旁边的警员眼疾手快地按住，老人奋力挣扎，苍老的面容上，浑浊的眼睛流出两行清泪：“不要做傻事妮妮，想想你爸啊——”
女孩冷漠地看着她了半晌，捋起袖子，露出手臂上的刺青。接着，她脸上露出疯狂至极的神色，一边大笑，一边用尖利的指甲在手臂上疯狂抓挠。那块皮肤很快就因此破皮、溃烂，鲜血如同颜料一样向下涂抹。但她仍觉不够，力道大得像是恨不得把那片皮肤完全揭下来。
这奇怪的举动让天台上不少人心中骇然，但她还在笑，指甲里的碎肉翻卷，手臂上已经露出几道血红的凹槽，她仍旧在用力地抓挠那块皮肤。
原本挣扎着要上前的老人怔住了，眼睁睁地看着女孩脸上的笑意完全收敛，接着身体向后，躺进风中。
“砰——”
缓冲气垫没能用上，水泥地上，躺着不断抽搐的、身体扭曲的女孩，红色的血液从她身下慢慢溢了出来。
不多时，进入现场的警员拿起相机，“咔擦”一声，将这让人极为不适的死状，定格在了照片上。
在法医的指挥下，同事们开始戴着手套收敛尸首，女孩苍白的、依旧圆睁着眼睛的面孔，随着裹尸袋拉链上合，渐渐掩盖在黑布下。人已经确认死亡，周围仍在细碎议论：“好可惜，这才是高中生吧？”
“造孽哟，留下她爸妈可咋办……”
黑色的裹尸袋被抬上车，车门伴随着重响合上，上司叫大家收队。周围原本还拥挤的人潮，在看到警员们一个个上车时也各自散去。
落在最后的女警员刚往前一步，就听见身后传来重重地一声“砰——”她猛地回头，但背后什么也没有，只有白线画出的、那个女孩的印在地上的尸体轮廓。有同事叫她，她应了一声，疑惑又恍惚地上了警车。
车辆发动，街上人流如织，没人能看见，坠落到地上的、身体已经极度扭曲的女孩，以诡异的姿势爬了起来。
而在另一辆警车内，上司接到一个电话，不知道那边说了些什么，他眉头紧皱，手指捏着现场拍下的那张照片，似乎格外用力。
接着切到警局，那张照片连同数张薄薄的纸页一起，被装进姜黄色的档案袋。男性粗粝的手将其贴上封条，拿起笔，在封条上编号那一栏写下字迹：1249。接着，红色的印章高高举起，在封口处盖下了“绝密”的红戳。
《绝密档案》，自此正式拉开序幕。
余缺大致解说了开端需要呈现出的画面后，又继续简述了游戏的玩法、大概的流程等等。