瓦斯科达伽马的凯旋给葡萄牙宫廷打入了一针强心剂，仅仅半年过后，曼努埃尔就再组织了一次远航。他动员了葡萄牙宫廷能榨取到的一切资源，再加上佛罗伦萨和热那亚银行家的注资，葡萄牙舰队比第一次抵达印度时要庞大的多。
集中了上一次远航所获得的知识和人员，负责统领舰队的外交官佩德罗阿尔瓦雷斯卡布拉尔收到了一份精心准备的指示以指导他如何平息达伽马在卡利卡特的外交闹剧以建设与扎莫林之间利润丰厚的友好关系及在印度的各种行事方案。
舰队自三月从里斯本出发，首先发现了真十字架之地，而后继续向东驶去，期间船员们观察到了天空中的彗星飞向东方，所有人都认为这是不祥之兆。
他们真的遇上了风暴，足足四艘船因此沉没，船员全部丧生，其中就包括在十二年前将此处命名为风暴角的巴尔托洛梅乌迪亚士。
出发时拥有十三艘船的舰队在此次风暴之后，去掉沉没的四艘和因迷路而折返的一艘，仅有八艘船在莫桑比克集结，前去东非补给，收获了莫桑比克苏丹的顺从和基尔瓦的接待，最后再次从马林迪出发前往印度。
此时的卡利卡特的老扎莫林已经驾崩了，但新君主的上台并不会改善葡萄牙与卡利卡特的关系。
葡萄牙人再次抵达卡利卡特，卡布拉尔依照指示命令船队下锚停泊，葡萄牙各船队形紧密，能用以装饰的旗帜全部挂了出来，尽可能地撑起司令官阁下的排场。
随后他们放下小艇，派遣人员上岸与卡利卡特交涉，卡布拉尔严格按照指示，在抓到人质作为预防手段前决不上岸。因为他们的恶劣行为，扎莫林也扣押了葡萄牙的部分人员作为报复。
司令官的登陆足足安排了一段时间，随员和礼物很顺利地抵达了扎莫林接见他们的大厅之中。此次曼努埃尔置办了比上一次奢华得多的礼物，随员们向卡利卡特方展示财物时也算能勉强入眼了。
不过意外还是出现了，葡萄牙方面的翻译因为种姓没有资格陪同司令官阁下觐见扎莫林，双方只能笨拙地以阿拉伯语为中介交流。卡布拉尔并不通阿拉伯语，好在还有御用商人科雷亚可代为翻译。
卡布拉尔拿出文件，向扎莫林提出己方条件：“尊敬的扎莫林，我主曼努埃尔派我前来与贵国发展友好关系。”
首先是关于达伽马出使的遗留问题，卡布拉尔坚决向扎莫林索要赔偿，声称：“贵国的不友好和蛮横造成了诸多误解和损失，贵国应当承担这些责任，合理地补偿我国的损失。”
他又如同连珠炮般抛出其他条件，包括为葡萄牙提供关税优惠、为葡萄牙商人提供安全便利的商贸据点和优惠的香料货源、豁免如商人死亡后货物所有权归当地统治者所有等不利的规定已经最重量级的一条——驱逐扎莫林统治下的全部mu斯林。
此时的葡萄牙宫廷还以为扎莫林是信奉异端的基督教君主，卡布拉尔见扎莫林对驱逐mu斯林这一条件有着明显抵触时，便强调说：“这是您作为虔诚基督徒的义务，自古以来他们就和我们不共戴天。”
在场的mu斯林听着这些话就好像吃了顶级厨师精心烹饪的九转大肠一样，他们知道这些法兰克人就是来搞事的，但mu斯林权贵们也不是什么善茬。
随后他又将话题转移到了宗教上，劝说扎莫林放弃异端行为：“你们距离罗马太远了，以至于出现了诸多谬误，我国的修士可以帮助您和您的臣民回归正轨，让天主继续接纳您。”
因为同时秉持着宗教和贸易目标的，卡布拉尔手中的指示十分两极化。为了维护与扎莫林的关系以及能够正常贸易，他们要友好对待卡利卡特城的mu斯林商人。但曼努埃尔又给他下达了破坏阿拉伯航运的命令，葡萄牙舰队又要对外海航行的mu斯林商船进行攻击，通过俘获船只、抢夺财物、扣押人质等手段来损人利己。
听取了全部条件后的扎莫林思虑再三，决定只同意与这些远道而来的陌生人达成商贸协定，建立贸易站。
就当所有人以为他们能够如同达伽马一样满载香料返回里斯本时，事态朝着最坏的方向发展。在mu斯林权贵的操作下，科雷亚领导的贸易站活动频频受阻，在其他商船已经装货向红海和波斯湾驶去时，他收购到的货物远远少于预期。
认定幕后主使的科雷亚说服了卡布拉尔攻击离港的mu斯林商船，并向扎莫林抗议。他照做了，而将矛盾尖锐化恰恰是mu斯林权贵的计划，在葡萄牙人做出了出格举动时，街上突然冲出一群武装分子攻击贸易站，数十个上岸的葡萄牙人被打得猝不及防，只得退回建筑内。
这些暴民的短矛、刀剑、盾牌和弓箭一应俱全，为了对付他们，葡萄牙人只好封闭大门，在围墙和屋顶上用不到十张弓弩还击，同时升起旗帜向舰队求救。
卡布拉尔只好派遣载有回旋炮的小艇用炮击驱散暴民，但贸易站的围墙还是被拆掉了，葡萄牙人只能躲在建筑内通过窗户对外射击。
科雷亚认为这样死守毫无意义，恰好贸易站靠近海边，突围到海滩上还能得到支援。幸存的葡萄牙人对屋外的攻击者发动了突击，从人群中杀出了一条血路，成功突围