西南大胜，皇帝的威望开始上升，阉党也开始发力。
如兵部崔呈秀，内阁顾秉谦，皆上疏为把总马洪辩白，弹劾东林言官僭越权事。
魏忠贤趁机罢免了一批东林言官，这自是京中之事。
徐可求死了，东林党自然也希望自己的人继续掌管四川，内阁初拟，推荐上来几个人选。
分别是吏科给事中魏大中、浙江道御史房可壮，及此次平乱有功的临关兵备副使刘可训。
不过很可惜，这份子京师千里迢迢送过来的题本，朱由校连看都没看，就吩咐王朝辅给烧了。
人在西南，就得任性点！
朱燮元平乱有大功，为什么不能继续当四川巡抚？
朕不仅要让他继续当，朕还要给他加兵部尚书衔，让他能在名义上兼理贵州军务。
至于王三善，虽然是东林党人，可这次能迅速平乱，他也有大功，姑且让他继续做贵州巡抚。
值得一提的是，当时在贵阳城内与前巡抚李枟有矛盾的御史史永安，这次也被魏忠贤推荐，不声不响的调入京师，去都察院任职了。
平定战乱，剩下的就是如何处理善后，朱由校可不想前脚刚走，西南又乱起来。
几经商榷，朱由校摒弃了一直延续下来“以夷制夷”的政策，决意使用武力，强行推行“改土归流”。
算水西安氏在内，能搬上台面的大土司战败的，共有三十四家。
针对这三十四家比较大的土司，朱由校首先下谕，对奢家、安氏这两个罪魁祸首斩尽杀绝，老少不留。
其余如武定张氏等，只诛首恶，保证不再旧事重提，稍定人心。
奢崇明掌管的永宁宣抚司，这次之后，朝廷将取消其建制，将永宁宣抚司全部土地并入叙州，设立叙州府，由朝中委派流官治理。
自此，永宁宣抚司，彻底成为历史。
参与叛乱的土司，不论大小，皆取消其后世承袭宣抚使的资格，但若考学合格，可以允许在西南地区任州、府流官。
这就涉及到一个重要的政策，即在西南地区开办讲学，消灭土司文化。
有力无处使的东林士子们，还有地方上等待补缺的进士、生员们，都要来这边历练一番，美其名曰：
大明需要你们的时候，到了！
甚至朱由校还规定，有功名在身想要做官的，在西南地区讲学两年之后，朝廷一定给你安排补缺。