世不能施行，终于不听从任命。
嘉祐八年，宋英宗赵曙即位，召富弼为枢密使、同中书门下平章事，再加户部尚书。治平二年，富弼因足疾请求解职，英宗极力挽留，但富弼接连上陈二十余道请辞奏疏。七月，英
宗授他为镇海军节度使、同中书门下平章事、判河阳军（《宋史》作判扬州），封祁国公。
治平四年，宋神宗赵顼即位，富弼改任武宁军节度使，进封郑国公。富弼又请求罢去自己节度使的职位，神宗于是改授他为尚书左仆射、观文殿大学士、集禧观使，并召其入朝。富弼再次以足疾为由推辞，第二次出判河阳军。
熙宁元年，调判汝州。诏令入朝觐见，允许患病的富弼坐轿到殿门。神宗前往内东门的小殿，让富弼的儿子富绍隆从宫门进入，而且命他们不要跪拜，坐下谈话。神宗从容地向富弼询问治国之道，富弼知道神宗果敢有所作为，上对说：“人主的喜好和厌恶，不能让人窥测到；能窥测，那样奸人就会逢迎。应当像天监视人一样，善恶都自取，然后进行惩罚奖赏，这样功劳和罪恶都各得其实情。”又询问边疆之事，富弼说：“陛下即位不久，应当广布恩德施行恩惠，希望二十年不提用兵之事。”神宗沉默不语。到日影西移才告退。神宗打算让富弼以集禧观使之衔留在京师，但他极力推辞，仍回到汝州。
熙宁二年二月，富弼被升授为司空兼侍中，并获赐甲第（上等府第），富弼尽皆全部辞谢，改拜左仆射、门下侍郎、同平章事。
这时有人向神宗说灾异都是天数，不是人事得失所导致的。富弼听后叹息说：“人君害怕的只有天，如果不畏惧苍天，又有什么事不能干呢？这一定是奸人想进邪说，来动摇皇帝的意志，让辅佐谏争的大臣，没有地方施展他们的才能。这是治乱的关键，不能不尽快救治。”就上书数千言，极力论说此事。又说：“君子小人的进退，关系到皇帝治道的消退与增长，希望仔细辨察，不要以相同为喜相异为怒、以喜怒决定任用取舍。陛下喜欢派人侦察外边的事情，因此奸邪险恶之人得志。又发布很多亲自写的批文，如果每件事都正确，这也不是做君主的办法；假如十分之七八正确，积日累月，过失也就多了。如今朝廷内外的事务逐步有所变化，大抵是小人喜欢制造事端，希望陛下仔细观察，不要有后悔的地方。”
这时很长时间发生干旱，群臣请求奉尊号和使用祭乐，神宗不允许，而以同天节辽国使者应当给皇帝做寿，因此没有拒绝他的请求。富弼说这是扩大德行的，正应当用这个来在天下显示，乞求一并罢免上寿。神宗听从了富弼的建议，当天就下雨。富弼又上疏，希望更加畏惧上天的警戒，疏远奸邪佞恶，亲近忠良。神宗亲自书写诏书进行褒奖答谢。熙宁二年，王安石出任参知政事（副相）。王安石向来与富弼不和，富弼考虑不能和他争执，多次声称有病告退，数十次上章。神宗将允许他告退，问他说：“你告退，谁能够代替你？”富弼推荐文彦博，神宗沉默不语，很久了才说：“王安石怎么样？”富弼也沉默不语。八月，出授武宁军节度使、同中书门下平章事、判河南府。经富弼请求，改判亳州。
青苗法颁布后，富弼认为这样就会财利聚集于朝廷，而人心分散，坚持不执行。提举官赵济弹劾富弼不执行圣旨，侍御史邓绾又乞求将其交付有司处置，于是以左仆射之职改判汝州。王安石说：“富弼虽受责罚，还不失于富贵。从前鲧由于违命被诛杀，共工由于貌似恭敬而内心傲狠被流放，富弼同时犯有这两条罪行，只夺去使相之位，又怎能阻止奸邪呢？”神宗不回答。富弼说：“新法，臣下不知晓，不能用来在我的郡县实行，愿回洛阳养病。”神宗同意。不久后，富弼上疏请求告老回乡，神宗恢复其武宁军节度使及同平章事之职，命其以司空、韩.国公之衔致仕。
富弼虽然居住在家，朝廷有大事，他都知无不言。郭逵征讨安南，他乞求诏令郭逵选择有利地位以便进退，来保全军队；契丹争执河东地边界，富弼认为朝廷不能答应给地；星象发生变化，请求广开言路；又请求尽快更改新法，来解除百姓倒悬之急。神宗虽然没有全部采用，但眷念礼待没有减少，曾经因为王安石要推行某种新措施，神宗推辞说：“富弼亲手书写上疏称‘老臣无所告诉，只望着屋顶私下叹息’的那种情形，很快就会出现了。”神宗对他如此敬重。
同知谏院范纯仁曾写了一篇《尚书解》献给宋神宗，并解释道：“富弼蒙受三朝君主的恩顾和倚重，应当自己主动担当国家的重任，可他却为自己之事的忧虑超过了为众人之事的忧虑，为自己疾病的忧虑超过了为国家的忧虑，在报效君主和立身处世两个方面都有过失。”
元丰三年（1080年），“元丰改制”施行，富弼被任命为开府仪同三司。同年，前宰相王尧臣之子王同老上书朝廷说：“先父（王尧臣）任参知政事时，正当仁宗服药，曾经与富弼和文彦博商议立皇储之事，正巧第二天仁宗病愈，此事就作罢。”神宗向文彦博确认后方得知实情。神宗嘉奖富弼不自夸功劳，授他为司徒，并升其子富绍京为阁门祗候。
元丰六年闰六月二十二日，富弼在洛阳