年内，务必剿清匪乱，并处死凤阳巡抚杨一鹏，流放巡按吴振缨。守陵的太监杨泽则畏罪自杀。
祖坟被挖后，朱由检终于慷慨了一把，一下子发了内帑一百多万，以充军费，紧急调动九镇边军七万多兵，加入剿匪行动。
按照朝廷部署，洪承畴负责剿西北，卢象升负责剿东南。
当时，东南起义军中以高迎祥部实力最强，西北起义军中以过天星、满天星、混天星、李自成部较强。
还有罗汝才、张献忠等部到处乱窜，行踪不定。
随着九镇边军的加入，特别是其中还有三千关宁铁骑，各路起义军的日子难过了。
首当其冲的便是高迎祥部。高迎祥算是初期各路起义军的武林盟主，自称“闯王”，实力也最强。
在孙传庭和洪承畴的联手下，高迎祥部被击溃。高迎祥被俘，押至京城后被处死。
盟主高迎祥的兵败，对其他各路起义军的信心是一个巨大的打击。一些起义军领袖对前途悲观，产生畏战心理，投降了大夏帝国，如蝎子块、张妙手等部。
但是，李自成部迅速壮大，转战四方。高迎祥的残部又投靠了李自成，助长了他的实力。
从此，李自成便再称为“闯王”，成为第二代闯王。
由于久剿不下，朱由检任命杨嗣昌为新的兵部尚书。杨嗣昌提出了“四正六隅，十面张网”的剿匪战略计划。
这个计划需要军费280.8万两。朱由检同意了，并向全国加派剿饷。最终，朝廷剿匪的成本又主要摊到穷人身上。当时老百姓把崇祯帝称之为重征帝。
军费就绪后，朝廷的剿匪大军又新增了十二万大军，其中新增的主力依然是边军。杨嗣昌向朱由检承诺，三月可平贼。