有把握的样子，朱翊钧就让他成立医疗小组，准备给张居正做手术。
以张居正此时的政治地位，那真是一人之下万人之上，医学院当然不敢怠慢。
李时珍和陈实功这些名医，这些年在医学院利用新的科学方法整理知识，研究问题之后，真正的实现了教学相长。朱翊钧并不懂医学，他能教授出来的，就是如何研究问题验证结论编制论文，并最终架构知识体系。
而恰恰李时珍等人缺乏的，就是知识的系统分类方法。他们听完皇帝的传授之后，真如同开了挂一般。而医学院的手术能力，也就从无到有，飞速发展。
手术的前提是麻醉。李时珍在获得了大量实验资源之后，对麻醉术的掌握早已傲视当世。实验证明，曼陀罗乌头大麻鸦片大麻等三十多种药材，都有不同程度的麻醉效果。有了大量的实验对象之后，万历四年时李时珍在研究天花病毒之余，就已经得到了分不同年龄段的安全“麻沸散”。
李时珍研发的麻沸散和消毒知识的应用普及，使外科手术成为可能。在病理学等学科也齐头并进之后，大明京师的百姓极少死于过去的绝症“肠痈”就是阑尾炎。
作为医学院做的最多的手术，肠痈手术的发明如同一道闪电划过的人类医学史的漫漫长夜。而万历七年开发成功的天花疫苗，更是将医学院的名声推高到了不可思议的境界。京师官民由此而对于医学的尊重，不仅发自肺腑，甚至神而圣之朱翊钧作为皇帝，也被涂抹了一层金粉。
在朱翊钧的影响下，也是外科手术的需要，医学院的全体师生都穿特制白色衣袍。在京师街面，如果哪位医学院的学生出街时没有换衣服，那他一定会被热情的群众围住，不是给东西，就是问问题。
最夸张的一次，有个学生大意了，穿着制服出门买东西，一文钱没花出去不说，还被一个做过肠痈手术的屠户在脖子上挂了一只猪后腿。如果他胆敢不要，那屠子说了，当场就要给他来一个白刀子进去。那哥们吓得战兢兢的，在屠子热情的持刀护送下抱着猪腿返校，成为全校的笑谈大伙儿笑归笑，一股自豪感和使命感却因之油然而生。
这种氛围，让医学院和现代医学在大明得到了长足的发展。良好的医风医德和基础医学教育，也迅速的普及开来。在李时珍严格的要求下，医学院在历史上第一次提出了完整的医学道德规范，即“救死扶伤的天职慎独守密的操守一视同仁的慈心。”
这三条规范的归纳和推广，更加快了医学发展的脚步。应该说，在朱翊钧的极端重视下，大明医学的发展，至少领先了全世界一百年以上现在的欧洲医生，还处于放血疗法治百病的阶段。
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张居正作为朱翊钧的助手，变法的主要推手之一，自身也直接享受到了变法成果他于正月三十入院，次日屁眼上就挨了一刀，二月十五日顺利出院，一身轻松。