弘光五年十二月二十五日，南京内阁奉旨颁布了对地方官制的改制方案，弘光改制正式由中央扩大到了地方；不过，地方官制改制还没来得及进行，弘光五年便已经过去了，一切还留待弘光六年进行。
然而，正当朱由崧与妻儿、兄弟欢度新一年到来的时候，后庭传来消息，邹太后突然卧床不起；朱由崧闻讯自是不敢怠慢，立刻结束了新年中的欢宴，第一时间安排太医进行问诊。
然而，太医院的医生根本治不了大病，因此邹太后的情况很快出现了恶化。
不得已，朱由崧只能下旨招募各地名医进京为邹太后治疗，同时还命令各地寺庙道观为邹太后祈福延寿。
就在朱由崧貌似孝顺的为抢救邹太后而努力的时候，内厂奏报琉球众人以闻得大君为首的祝女行巫蛊事，诅咒大明皇室。
故意把脏水扣在琉球人头上的朱由崧接到内厂奏报后“勃然大怒”，立刻命令刑部、锦衣卫伙同内厂查抄琉球郡伯尚质及一众琉球郡爵的府邸，结果果然查出了大量符咒文书。
接着在审讯中，挺刑不过的琉球郡爵们对自己意图复国的作为供认不讳，并承认了对大明皇室的诅咒；暴怒的朱由崧当即将邹太后的病归罪于琉球人的诅咒。
于是，尚质的爵位直接从郡伯降为了郡男，并遭到了软禁。
牵涉其中的琉球郡爵全部流放黑龙江和流廆国，得闻大君等祝女被全部斩杀，琉球的神道系统为之土崩瓦解。
而就在朱由崧于南京展开行动的同时，琉球县境内一众抗拒王化的琉球旧臣也被抄家和流放，甚至另有超过三万名的琉球百姓也稍后被强制从琉球迁出，分别迁往了唐、益两藩及图们江等地；至于强迁走的琉球百姓留下的土地、屋宅，则稍后被大明官府分配给了浙南、福建、乂安、赣南等地迁来琉球的无地百姓；仅此一变，大明百姓在琉球人口中便占到了绝对多数，琉球也因此彻底成为了大明的国土，再也没有谁能将其分离出去。
当然，琉球这件事本来就是朱由崧借题发挥，等该杀的杀了、该流放的流放后，邹太后的身子骨也没能缓过来，最终，拖到了当年二月十七日，挺不下去的邹太后便驾鹤西行了。
邹太后死后，朱由崧追封其为端诚孝德恪贞仁寿天惠恭皇太后，并由皇太子朱慈焈扶灵，护送邹太后棺椁前往洛阳，与安宗慕天敷道贞纯肃哲修文显武圣敬仁毅孝皇帝（老福王）、孝诚端惠慈顺贞穆符天笃圣皇太后一起合葬于熙陵。
为了进一步表示自己的孝顺，朱由崧还下令全国为邹太后举孝百日----当年安宗去世时，因为只是普通亲王，所以没有享受到国葬待遇，而朱由崧的生母姚氏去世更早，自然也没能得到皇太后应用的待遇，所以，这次举孝百日，实际还存在着弥补朱由崧当年遗憾的意思----大臣们虽然觉得夸张，但误以为朱由崧在展现孝道，自然也是不好相劝的······
正当南京这边忙着给邹太后治病、治丧的时候，一度退缩至兰州的顺军突然在弘光六年（永昌七年）正月初七日，大举展开反攻。
实施反攻的顺军兵分三路，其中北路由刘希尧、李过率领，总兵力约六万人，不过内中只有一万人是战斗力较高的老营兵，其余则是顺军强迫河西百姓组成的饥军，其作战目的也不是强行反攻靖虏卫及宁夏三卫，而是牵制靖虏卫一线的北路明军。
中路顺军由刘宗敏、高一功率领，总兵力约五万人，内中老营兵同样只有一万，其余也都是饥军，该路顺军的作战目的是堵住巉口和高崖口两个方向，不让安定（定西）明军直驱金县（榆中）、兰州，并牵制车道岭以东的明军中路军，使之无暇增援南北两个方向。
南路是顺军的主攻方向，由李自成亲自指挥，其目的是夺回临洮府城狄道----夺回狄道后，顺军向东可以威胁渭源及巩昌府城陇西，向南可以顺着洮水南下洮州卫和岷州卫，然后还可以经由岷州卫进入阶州，再转到冲向四川----重创明军一部，并想办法从明军手中夺取必要的粮秣物资补给。
有人肯定会奇怪，既然临洮如此重要，顺军之前为什么轻而易举的将其放弃！
其实这不难解释：
当时顺军的兵力分散在靖虏卫、巩昌府西部、临洮府东南部，不集中是没办法捏成拳头打回去的，所以顺军要退到兰州进行集结和重整，并且当时顺军还没有重建饥军----李自成再次控制陕西后，一直是向把陕西当做争夺天下的后方基地的，所以一直到巩昌弃守前都采取饥军战术；当然，其实驱赶百姓至明军阵前乞活也是一种饥军战术，但正版的还是在退到兰州后，为了最后决战，才重新捡起来的----李自成自付单纯依靠军心不稳的营兵是没办法跟气势如虹的明军交战的，因此，才试图诱敌深入后，在兰州城下用饥军+老营，给明军重现当年的人海战术。
可放弃狄道后，李自成很快发现，明军没有因为全胜在即而昏了头，依旧采取稳扎稳打的战术，毫无冒进的意图，这就让采取了错误战术的李自成陷入窘境了----虽然在陕明军的粮秣补给虽然一直有问题，但毕竟有大半个中国的支持，绝对比只有河西走廊一地的顺