南京太仆寺则负责南直隶地区的马政；另外在山西、北平、陕西、甘肃、辽东等地还设有行太仆寺，负责当地马政。
马政在古代封建王朝属于国家大事，马匹更是军国重器，故明太祖朱元璋曾言“马政国之所重”，嘉靖时期内阁首辅夏言也说过“国之大事在戎，戎之大事在马”，由此可知明代太仆寺及行太仆寺的责任是非常重大的；但也因为如此，掌握了马户、草场、马匹等大量的马政资源的太仆寺及行太仆寺在弘治朝以后，逐渐编成了明政府另外的一个钱袋子，在某种程度上偏离了其原本的职责，最后导致明廷便只能花钱向蒙古各部采购马匹。
可向蒙古人买马并不便宜，且不能保证马匹的质量，所以，朱由崧基于济州牧场、虾夷地牧场太小，而想利用此次华北光复，各地大面积抛荒的机会，于国内恢复一些官牧场、皇家牧场······