明弘光元年六月二十五日，礼部以军功奏请册封黄得功为舒城侯、严德桓为通城伯、许昇焘为通山伯、柳宜昭为黄梅伯、张茂德为沐阳伯、黄蜚为定西伯、宁大虎为安东伯、高杰为靖北伯、刘肇基为襄南伯、尚可喜为镇北伯；此外礼拜还奏请册封余龙、李成栋、金声桓、田雄、马得功等一百六十七名将官为子爵、男爵。
对于礼部的奏报，朱由崧御笔一挥，悉数御准；然而也就在朱由崧大封功臣的当天，大学士吴甡、刑部尚书顾锡畴、左都御史丁魁楚再次提请三司会审【叛乱案】。
在问过内厂提督钱禄，确认相关案件已经可以转入审讯阶段的朱由崧批准了吴甡等人的请求，随即将【童妃案】、【叛乱案】并案后，移交九卿会审。
所谓九卿指的是六部尚书、都察院左都御史、大理寺卿及通政使等九位大明高级文官；不过由于部分尚书系由内阁大学士兼任的，这些内阁大学士事务繁忙，根本没时间参加审讯，所以，并非全体六部尚书都参与了两个案子的审讯，至少吏部和户部是由侍郎来代为参与的。
并且，说是九卿会审，但事实上，除了九卿以外，司礼监也派人出席了会审的整个过程；此外，锦衣卫、内厂、东厂等侦办机构也出席了整场会审，不过他们的身份并非是主审官，而是主控检察官及证人、法警。
因为被抓者都是复数的证人证言证物，所以除了那些因为金钱往来而被说成是【左良玉父子叛乱案】资助者的士绅，实数有些委屈外，黄澍、吕大器、左光先及其同党的罪行是非常明确的，其中大部分人也都承认了自己或多或少与左良玉父子有瓜葛或在【童妃案】、【假太子案】中大放厥词、推波助澜----当然，这些士大夫也是振振有词，认为自己只不过是说了几句泻火的话，并不是有意诽谤和污蔑皇帝。
对于被抓的东林-复社成员还试图以朝廷因言治罪、不符合祖制为由脱罪的幻想，与会的刑部尚书顾锡畴、礼部尚书钱谦益、吏部左侍郎袁继咸等东林-复社集团成员及目前与东林-复社集团结盟的齐党要角、大理寺正卿刘正宗都心急如焚，但由于参与会审的不仅仅有内廷的代表，而且还有阮大钺、杨维桓等东林-复社集团的死对头在，他们不好公然偏袒，只能眼睁睁的看着事情冲着不可挽回发展而去。
于是，为了避免党人死的太快了，所以，顾锡畴等人一反之前火急火燎的态度，有意拖延审讯进程，试图以拖待变，最终让【童妃案】、【叛乱案】不了了之。
然而，朱由崧却不惯着他们，这不，不待案子全部审结，便于当年七月十九日，赐了假冒自己妾媵的童姓女子一杯鸩酒，送这个被人利用的女子上了路。
赐死童妃后，朱由崧又越过了九卿会审，下旨判处谋画叛乱的太仆寺卿乔圣任、江西道御史林时对、工科给事中金堡以及预谋参与叛乱的建阳卫指挥使于侯升、扬州卫掌印指挥使关文、镇江卫指挥同知牛国统、吴淞营总兵方从安等19名文武并侯方域、方以智、陈贞慧等牵涉较深的士子11人满门抄斩。
为上述30人转移家产、隐匿家人的69家士绅、3家寺庙、1家道观、16家佃户及普通人家也被处于抄没家财、全家流放广西、贵州的处罚；另外，受于侯升等人的连累，建阳卫、扬州卫、镇江卫、杭州前卫、金山卫等相关卫所男爵（千户）以上武官，以知情不报、愚钝不明的理由，悉数夺爵革职、发重庆军前效力。
对于朱由崧大开杀戒的做法，东林-复社方面噤若寒蝉，是的，别的被抓者或许还有为之开脱的理由和可能，但乔圣任等人试图搞武装叛乱，是铁板钉钉的事，是连洗地都洗不了的罪行，没有牵连三族，已经是朱由崧手下留情了。
一通杀戮后，顾锡畴等人只能请托王铎、高弘图、吴甡等大学士去劝说朱由崧给士林以体面，但王铎显然是被朱由崧的霹雳手段给吓住了，不敢去跟朱由崧讨价还价；而高弘图也愈发感觉自己与东林-复社集团的合作是一个错误，所以虽然答应了顾锡畴等人的请托，可做的时候却也是三心两意的，实际没有能给东林-复社方面提供多大的助力。
作为东林党人的吴甡在拯救同党时倒也卖力，甚至可以用奋不顾身来形容，以至于，短短十天里，一共上了七封求情的折子，并两次当面恳请朱由崧宽恕剩余那些被捕的士大夫，甚至还不惜拿出为陈王大婚顺利举行恳请大赦的建议。
而钱谦益也以先帝子孙可能悉数凋零为由，恳请朱由崧收回五年不册封亲子为太子的决定，试图籍此来为同党求得一线生机。
只是，钱谦益、吴甡等人的奔走，却被某些个年少气盛的东林-复社成员给破坏了。
“皇爷，苏常、江东、江西、赣中等地的诸生谩骂陛下为纣桀暴君，还拿那个女人的事做文章，说皇爷已经多年未再纳嫔妃、也多年未有新的子嗣了，恐怕、恐怕身体有恙。”
听完赵山吞吞吐吐的报告，朱由崧脸上涌起一阵怒意，没错，说自己纣桀也好、无视祖制也罢，都是无用的嘴炮，朱由崧并不在乎他们的无效狂吠，然而说自己萎靡不振了，却是在影射自己无力继续执政，却是一件麻烦事。