不管清廷有没有颁布第二次《剃发令》，朱由崧还是按计划，率领3个正军师不到2万人的京营主力，于明弘光元年六月九日上午，越过长江，于沙口、阳逻一线登陆江北。
其实，三天前，李自成所部就已经从举水前线后撤了，但因为上游降雨，而暴涨的倒水河严重迟滞了顺军北撤的脚步，以至于等到京营渡过长江，出现在倒水河口时，李部主力仅有2万余人渡过了倒水，剩余万五兵马依旧被滞留在了倒水河东。
之所以顺军还有部分兵力没有越过倒水河，其实与黄得功部也有一定的关系，这不，虽然举水也因为上游降雨出现了暴涨，一样影响了黄得功部的过河速度，但黄得功还是不顾艰难、亲率前锋部队强渡了举水，从而咬住了顺军后卫部队，使之无法顺利西渡。
无法丢弃占总兵力2/5的后卫部队的李自成，便只能选择迎战京营主力，但由于李自成缺乏对京营战力的正确认识----武昌这边已经连夜派人冒险乘坐小船向李自成报告了刘宗敏怎么失败的，但李自成没有亲自见过京营的火力，多少以为刘宗敏的报告是夸大了对手的力量，籍此为自己的失败找理由----因此，在倒水一战中，李自成2万精锐很快灰飞烟灭、而李自成仅以身免，最后，在京营辅助骑兵的追击下，匆忙逃亡襄阳一线。
并不知道放走了李自成的京营随后在朱由崧的指挥下，与黄得功部合围了倒水以东的顺军残余，但面对数量是自身几倍的明军，统领这部分顺军的威武将军张鼐、果毅将军任继荣、果毅将军刘体纯、威武将军党守素等将宁死不降，于是，朱由崧便命令黄得功部发起总攻，而京营以炮兵隔河助战。
在两部明军通力合作下，倒水河东岸的顺军迅速溃败，其中张鼐、刘体纯直接死于炮火之下，任继荣被黄部数名官兵围殴而死，党守素投降后被杀。
解决了倒水河东岸的顺军后，朱由崧命令黄得功部在完成战场打扫后立刻向襄阳方向攻击前进，务必在清军发动前夺取襄阳等地，确保关上经由郧阳、均州、南阳、邓唐突入湖广的大门；而自身则率领京营主力回到武昌城下，并调换出孙传庭部三万兵马。
“孙卿，接下来，你部立刻沿江西进，收复荆州、夷陵、归州等地，堵住了顺军重回湖广的通道。”朱由崧冲着孙传庭和黄蜚交代道。“黄卿这边则一定要堵住三峡，不让顺军能顺流而下；待完成以上任务后，孙卿等还要设防攻入四川，进一步压缩顺、西两逆的地盘。”
说到这，朱由崧特意在地图上点了点：“但进入四川的同时，不能放松了对郧阳方面山路的控制，闯逆可是在郧阳活动多年，对郧阳周边了如指掌的，一旦让其部通过郧阳进入荆州、襄阳境内，只怕又要重蹈先帝时期官军疲于奔命一幕了。”
那么怎么封堵这些山中小路呢，朱由崧给孙传庭一句话：“广设烽燧、于险要处立硬砦、遇敌则以快速应援部队加以驰援，而主力后置，轻易不动，动着必能至顺逆、清虏于无功。”
是的，朱由崧这么安排更多的是针对清军可能发动的奇袭，不过这么一来，孙传庭可能就没有足够兵力进入四川作战了：“左良玉部叛乱后，朝廷取消了左部的建制，原本给左部的军饷银子也是不用给了，所以，朕允许卿把手上的兵力扩大为五万人，黄卿所部也准保留一万五千官兵及相应舟船；至于黄卿裁剪下来的兵员、舟船，稍后与巡江水师、操江水师合并，重组为新的巡江水师十二营。”
这12营由西向东是荆州营、岳州营、汉口营、富池口营、湖口营、安庆营、太平营、仪征营、江阴营、狼山营、吴淞营和太湖营，不过，在朱由崧的计划里，这12营水师实际等于水警部队，主要以江湖巡逻、缉私、反水盗为主要任务，真正的战斗是江上水战，现阶段还是以黄蜚所部组成的夷陵水师7营、郑鸿逵所部组成的镇江水师3营为主，至多必要时调济州水师桨帆船队入援而已。
其实朱由崧有进一步将巡江水师及黄蜚部汉水水师舟船全部改为江口型桨帆船的想法，为此还指示济州船场、云梯关船场拿出了一款吨位更小（60吨）、结构更紧凑的江口丙型桨帆两用船，但朱由崧目前实在缺钱，所以，相关换装计划只能遥遥无期的搁置了。
孙传庭和黄蜚齐声应道：“臣等必不负陛下重托。”
朱由崧又想了想，决定道：“韩赞周，立刻通报南京司礼监并内阁，朕以特旨擢孙传庭为东阁大学士，督师巴东、湖南、广西、广东军务。”
孙传庭立刻跪拜道：“臣叩谢天恩。”
朱由崧让孙传庭起身，然后对韩赞周继续道：“另，免张国维总督江西、赣中、南赣军务并江西巡抚，授其总督南襄、湖北、江西军务并兼湖北巡抚，日后驻节武昌。”
韩赞周提笔记录着，就听朱由崧继续道：“黎元宽为广西巡抚、原河南巡抚严起恒转云南巡抚、原广西巡抚堵胤锡调转南襄、杜秀文转江西巡抚、旷昭转湖南巡抚、祁彪佳任右佥都御史兼操江都御史；另外马士英不是要用朱大典和王永吉吗？就以朱大典总督河南、凤阳、江淮军务兼凤阳巡抚、王永吉为黔东巡抚。”
咦？朱由崧不是担心