在北大，本科课程计划主要分为两块：专业课和通选课。一般而言，专业课难度胜过通选课一筹。按照设想，任何一个元培学生读大二、选定自己的专业方向后，之前选修的其他院系的课程都可替代通选课课程，修满学分即可毕业。
对学生来说，诸如此类的规定无异于“自由待遇”外的枷锁：根据兴趣选课，一旦考试成绩不理想，选专业时就会丧失一定的自由。
不少元培“过来人”，亲历了向“不自由”妥协的过程。北大03级元培法学方向学生张琬婷告诉记者，在元培实施的最初几年，绩点并不是一件被看重的事，“02、03级的学生大多数都是按自己的兴趣选课，选难度大的课在当时是一个趋势。”但此后，绩点导向就越来越重。