时间在不断地流逝，转眼间已经过了三年，这三年里，每个人都有了不错的成长。李文禹在三年里游览了火之国、水之国等一些国家，认识了不少有趣的人和事，当然也解决了一些麻烦，他的实力在旅行途中不断增强。在旅途中，他也到过不少奇特的地方，得到一些特别的东西，只是这些东西有的被他用掉了，有的则是被他收进了自身所带的空间里。
鸣人在这三年里跟随者自来也修行，成功地学会了仙人模式，也能初步应用九尾的查克拉了，但是只要一超过限度，他还是会被九尾的意识控制，造成破坏。三年里，鸣人从晓组织的手里救出了被取走尾兽后死亡，又被千代婆婆用生命换取生机的我爱罗、破坏了卑留呼的阴谋，成功解救卡卡西老师等等一些危险的任务。最近又拯救了被佩恩毁掉的村子，还见到了残留在自己身体里的爸爸的查克拉，知道到了佩恩的秘密并找到了幕后主使长门的同时也知道了自来也老师死去的消息，在强忍悲伤的情况下说服长门复活了死去的人们。
小樱在这三年里一直跟着纲手学习她的忍术，实力已经大幅上涨，医疗水平也在不断提高，经常会跟着鸣人一起出任务来增长实战经验。她现在在木叶病院里工作，不断修习医疗忍术，治好了很多的病人，攻克了一些疑难杂症，赢得了木叶民众不少的称赞。
佐助则是在大蛇丸的基地里不断修行提升自己，同时也知道了大蛇丸想要占据自己身体的想法，但是实力不够的他，很难组织大蛇丸的计划。最后还是他的哥哥宇智波鼬来了，帮助他解决了大蛇丸，阻止了大蛇丸的计划，两人在解决了大蛇丸后打了一架，佐助最后输了。但令佐助没有想到的是，宇智波鼬将自己的眼睛给了他，解释了自己当初为什么这么做的原因，表达了自己对佐助的爱，随后伸出手戳了戳他的额头后倒地，离开了人世。佐助看着已经去世的宇智波鼬，心里一片茫然，自己在世上最后的亲人离开了自己，自己的恨与爱都没有了对象，以后该怎么办？坐在鼬的身边整整一天后，佐助想起鼬临终前说的话，决定去木叶找寻灭族的真相。以他现在是叛忍的身份，想要进入木叶还是比较困难的，现在最紧要的是快速提升自己的实力，在鼬给了自己眼睛后，他的写轮眼已经进化成万花筒写轮眼了，实力快速增长，但是他现在还是不能很好地应用万花筒写轮眼，毕竟得到的时间太短了。佐助回到大蛇丸的基地里，二把手的兜已经不在了，佐助带着香磷、重吾、水月，四人组成鹰小队，开始在忍界闯荡。
卡卡西、凯、鹿丸等人一直在做任务，老师们经常会带着自己的弟子们做一些难度较高的A级、S级任务，但是难度较高的2S级任务他们就不会带着弟子出去了，毕竟死亡率太高了，木叶新生的一代忍者还没有能力解决这样高难度的任务。可是随着晓组织的尾兽抓铺计划的展开，先锋队的到来，猿飞阿斯玛牺牲了，但木叶众人成功地阻止了晓组织先锋队的袭击，但也引来了最后的大BOSS佩恩。在木叶即将毁灭之际，鸣人的到来拯救了村子，在战后大家开始重建村子，日子也逐渐走上了正轨。失去的亲人已经回不来了，但是生活还要继续，走出悲伤后，大家又重新振作起来，做自己应该做的事。
“这次，你们的任务是去楼兰遗迹抓捕砂忍村的‘S’级叛忍百足，他是一个傀儡操纵师。”火影大楼里，纲手对站在自己面前的第七班说道。在佐助叛逃村子后，长老团的团藏安排了一个叫佐井的人代替了佐助在第七班的位置，三年来三人一起出任务，逐渐培养出了默契，现在他们的带队人已经变成了鸣人见过的大和，卡卡西则是被安排成火影近卫队成员，专门处理一些高难度的任务。
“诶，为什么我爱罗不派砂忍去做这件事啊？”鸣人困惑地提出自己的疑问。
“砂隐村现在正在建造大规模的防御工事，没有足够的人手，而且他们的上忍除了留下来保护村子的，其与的人都出去外面执行任务去了。”纲手解释了一下原因。
“好吧。”鸣人听完耸耸肩，拿着分发到自己手里的扁平型双刃短刀端详。
“这次的任务目标是傀儡师，所以查克拉刀一定要拿好，这是切断傀儡与操纵者联系的唯一办法。”纲手说道。
“师父这个要怎么用？”晓颖看着自己手里的刀问道。
“往刀上输入查克拉就行了。”纲手刚说完，鸣人就照着她的话做了，刀上瞬间出现了蓝色的光芒，把鸣人吓了一跳。即使鸣人很快地把查克拉收回来，但仅仅是唇线的一瞬间，鸣人就知道这把查克拉刀的锋利。小樱看着鸣人犯傻的样子，随手一拳打在鸣人头上。
“好了，这就是你们的任务了，收拾下出发吧。”纲手看着眼前两人的玩闹，出声打断了他们的动作，让他们回去了。
“是。”四人说完转身离开了火影楼，朝着自己住的地方走去。
鸣人来到了自己的家门前，习惯性地朝着自己的邮箱看去，里面躺着一封带着清新木香的信，鸣人立马拉开自己的邮箱，把信取了出来。这三年来，他和小禹一直靠着信件联系，偶尔也会通过通灵兽联系。鸣人迅速打开房门进入房中，急忙拆开信件阅读起来