1931年“九一八”事变，东北大片国土沦丧，不久，“一•二八”事变爆发，日本侵略军在上海狂轰滥炸，形势危急。此刻，蔡元培忧心如焚，郁积胸中的不满终于在1932年2月初中央研究院的一次活动中倾泄出来。
他在一次在作时局报告时，先说明他前次留在南京维持危局的苦衷，后来又表示对国民党前途的悲观。他第一个指斥的是宋子文，他说当美国劝阻日军进占锦州时，日军暂按兵不动，那时宋子文便邀拉西曼氏纵酒狂欢，庆祝胜利，谁知不久，日军便进占锦州了。这些地方便表现出宋子文是怎样的幼稚。“宋少不更事，固不足论。最可怪的要算所谓党国的领袖第一，胡展堂那位先生，在和会（即宁粤和谈）以前满口承诺合作，对于既往概不追究，而在和会时，他便首先作梗；在和会以后，他又负气不到南京，自己在广州组织起三个委员会来。
讲到蒋介石，蔡元培言道：“他的专横独裁，实为古今中外罕有，只要看他的政府，一切措施无不出自私心，财政部长辞职时，他可以将一切事务官完全引跑了，他们的薪水非但分文不欠，并且他们临走的时候，还每人发干薪两月，而其他各部人员的薪水都欠几个月，教育（部）竟积欠几百万。蒋临走的时候，还请了三位军人做省政府主席，他的合作精神及和平诚意，已可见一般。”
在报告中，蔡忧心重重，深感“时局艰难，政治尤一无办法”，言下不胜唏嘘。
这一通牢骚和议论，可谓如梗在喉，不吐不快，其中涉及的对日外交内幕、宁粤和谈经过、蒋氏二次下野前的部署等细节，非局内之人难以道及。
蔡元培以党国元老和国民党中央监察委员的身份，在一系列事件中，处处与国民党的政治举措唱对台戏，让南京国民党当局一部分主政者极为恼火，遂对蔡元培发出警告以至于恐吓和威胁。
1932年11月，国民党南京市党部对蔡元培、杨杏佛营救陈独秀的做法提出书面警告，指其“为清议所不值”“徇于私情，曲加保护，为反动张目”。又于次年2月10日要求解散民权保障同盟，并对蔡元培、宋庆龄提出警告，指责“蔡元培、宋庆龄等擅组民权保障同盟，发表宣言，保障反革命及共.党要犯，实破坏本党威信，逾越中委职权”。
1933年6月18日，民权保障同盟总干事、中国人权运动先驱杨杏佛带着儿子驾车外出，至上海亚尔培路时，设伏的“蓝衣社”几名特务突然从路边冲出，将杨杏佛乱枪杀害。
蔡元培闻讯后即驱车前往现场查看，随后到医院瞻礼杨杏佛遗体，集结同仁商讨善后事宜。同日，他以中研院长的身份致电汪精卫、林森，要求立即“饬属缉凶，以维法纪”。
参加杨杏佛公祭的鲁迅说：“今天蔡先生是去的，他很悲哀。……打死杨杏佛，原是对于孙夫人和蔡先生的警告，但他们两人是坚决的。”
杨杏佛的事直接导致了民权保障同盟在无形中解散，但这没有阻挡住蔡元培人权事业的脚步。
1933年10月，著名新闻人邹韬奋主编的《生活周刊》因为宣扬民主、抗日而被国民党当局查封，蔡元培连发两电要求解禁。
1934年2月，共产党员、国民党的老同志何香凝之婿李少石被抓，蔡元培参与营救，与张静江等设法将其保释。
同年9月，著名史学家范文澜在北平被国民党宪兵逮捕，蔡元培即致信给汪精卫，促请其下令释放。
1935年2月，共.产党的重要领导人瞿秋白被国民党捕获，蔡元培知道国民党对付共产党人的手段，他即在国民党中央干部会议上力为辩护，他说像瞿秋白这样的天才在中国不可多得，绝不能杀。
总之，抗战全面爆发的前几年，为保护进步人士，蔡元培不避凶险，付出了巨大的努力。