年七月，孙中山南下护法，在广州成立军政府，徐应孙之邀，由沪至穗，共同护法。
一九二三年二月二十三日，孙发布大元帅命令：“桂军总司令沈鸿英着将所率全部移驻肇庆，所遗北江一带防地，着滇军总司令杨希闵迅即派队接防，西路讨贼军总司令刘震寰所部，着驻石门、东莞、虎门各地；东路讨贼军第四师长石春荣所部移驻罗定等地，此外各部队，就现在地点驻扎，自经此规定后，各部军队非奉本大元帅命令，不得擅自移动，致滋纷扰。”
大本营成立后，孙首先致力于裁兵工作。先调查各军实数，限于三月二十日前，将该军营数和驻扎地点，造具军官姓名、履历及兵士名册，呈报大元帅府。由大元帅派员分赴各军驻在地，逐一点验，倘有虚额不准再招，而老弱无枪支者，则一律裁汰。
三月二十日孙发表“裁兵之重要与处置方法。”
孙此番回粤，对外方面则力求西南各省步调一致，几经磋商，乃与唐继尧、刘成勋、熊成武、赵恒惕、谭延闿、刘显世等西南领袖联名通电，宣告对西南时局之意见。
内称：“我西南各省，决以推诚相见，共议图存，弃前事之小嫌，开新元之结合。分灾恤患，载之简书，外间内谗，一切勿受。兵为防守，不为争夺，虽折冲疆场，为义兴师，而终不背和平主旨。其他各省有被直系蹂躏，颇同心敌忾者，文等为之敬执鞭弭，所不辞也。”
三月二十二日，孙任命赵士北为大理院长。二十六日派谢持为全权代表，执行中国国民党本部党务事宜。二十九日任命杨希闵为中央直辖滇军总司令，刘震寰为中央直辖西路讨贼军总司令。
三月二十八日，沈鸿英电称遵照大元帅命令，移防西江，设司令部于肇庆。
四月三日，孙把陆海军大元帅府由农林试验场迁至水泥厂。
前边提到，孙主张先裁兵再谋全国统一的计划，曾获黎元洪、张绍曾、段祺瑞、张作霖、卢永祥等的赞成。
不过张绍曾认为裁兵问题必须召集全国性的军事会议才能解决，所以他仍主张先召开“国事协议会”解决统一问题。
黎、张两人本来打算派代表到上海与孙商讨实现和平统一的具体办法，不料民国十二年一月二十六日，广州发生了沈鸿英的江防事变，张绍曾错误地估计了形势，以为孙在南方已没有实力，已经无足轻重，因此所派代表临时中止出发。
一月八日张绍也曾有电给西南各省，主张和平统一，然广东和福建接下来发生的一系列事件，与张绍曾的愿望背道而驰。
吴佩孚催促孙传芳迅速带兵入闽，进攻讨贼军，以解救陈炯明的危机。
民国十二年一月七日，孙传芳部开到赣东，准备进入福建。只是接下来是一月十五日陈炯明在广东失败，李厚基也在这一天取道汕头出走，北京所派“援闽军”常德盛部也由闽西败退到杉关。
卢永祥暗中接济王永泉、臧致平的军火军饷，许崇智、王永泉、臧致平、李福林等联名通电反对直系派兵入闽，孙传芳在不利的形势下只好屯兵不前。
一月二十二日北京政.府下令撤销讨贼军总司令，李厚基调回北京另候任用，福建督军一缺裁撤，王永泉的通辑令取消，“援闽军”停止前进，所有福建境内主客各军善后事宜，责成萨镇冰、刘冠雄、孙传芳协同办理。
这些命令都是张绍曾为了实践和平统一的初步措施。命令中加入了孙传芳，是为了要敷衍吴佩孚。
同一时间，曹锟和吴佩孚一再催促北京政.府发表孙传芳督闽、沈鸿英督粤的命令。吴佩孚本来很瞧不起沈鸿英，认为沈是个反复无常的小人，可是陈炯明垮台后，吴觉得沈鸿英还可利用，所以要他督粤。
张绍曾本来反对这两道任命，曾力争拒绝发表。江防事变后，张以为沈在广州得势，所以也打算同意沈的新命，不过在北京国会中的国民党议员却大为反对，
张便于一月三十日改下命令嘉奖陈炯明下野，希望在广东的主客两军互谋谅解，勿再从事私争，并派林俊廷为广西军务督理，丁槐为两广慰问使。
这些命令引起了国民党的极大不满，因为孙最痛恨的，是陈炯明犯上作乱，现在陈被逐下台，北京政.府竟嘉奖陈炯明，不说他是被逐而说他是下野，这简直给孙和国民党极大难堪。
林俊廷(1876～1933)旧桂系将领。字莆田。生于扶隆乡，长于防城区那良镇。盐贩出身。曾入绿林充当头目。一九零二年受清军陆荣廷部招安。一九一一年升巡防队统领。翌年三月任广西第二军统领，驻龙州，兼边防对汛督办。一九一六年任广西护国军第一支队司令，一九一七年任护国军粤桂联军第二军司令，进军湖南，次年退回广西。一九二一年被旧桂系余部推为广西自治军总司令，驻南宁。
国民党认为发表林俊廷为广西督理也是极不友好的行为。