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驻粤滇军以及朱庆澜所属的警备军也想北伐，但是桂系不肯给予军事装备。李烈钧事后曾指责陆荣廷，说他故意躲在家乡武鸣装病，坐失北伐良机，让段祺瑞重登政坛玩弄一切。
广东的桂系既然是统治者，对于滇军和地方武力是不给军费的，逼得驻防各县的地方军纷纷就地筹饷。
朱庆澜以省长名义发行救国公债，滇军则提印花税甚至扣留鸿安公司的鸦片以充军费。桂系便以此为理由打击滇军和朱庆澜。
桂系所搞的自主，充其量是半独立，甚至是一种投机。对于段祺瑞和冯国璋，他们采取联冯倒段的策略。因为是半独立，对于北京政.府的命令便根据自己的需要来决定是否执行。
孙中山到广州后不久，广东督军陈炳焜便赶到梧州，请示陆荣廷如何应对。
陆指示他抗拒孙会惹大反感，当务之急是排斥朱庆澜，把地方武力夺过来。
陈心领神会，返回后即策动肇阳罗镇守使李耀汉驱逐朱，以省长职位饵李。
朱在李耀汉的压迫下向省议会辞职，并要求准予将省长亲军二十营交给陈炯明接管。这批亲军朱是从龙济光手上接收过来的，当时有兵额四十营，接收后编为省长直辖的地方保安部队。其后被陈炳焜分出二十营，余下的编为“省长亲军”，由陈炯明为司令。
朱的想法是把这批亲军改编为海军陆战队，仍以陈炯明为司令，名义上则属于程璧光的海军节制，以免落入桂系手中。
八月二十日朱庆澜把省长大印交给省议会，根本不理睬陈炳焜就去了香.港。陈大为愤恨，当天在布告中说他是“私人出走，有心扰乱治安”。
八月二十八日广东省议会选举胡汉民继任省长，省议会选胡的理由是因为胡做过第一任广东都督。
桂系当然持反对态度，陈炳焜派人到省议会抢了省长大印，且以督军命令接收了省长亲军。此前，陈炳焜早已向北京政.府保举李耀汉为广东省长。
段内阁看到广东这个宣布自主的省区，能承认北京政.府的人事任命大权，自是喜出望外。他巴不得桂系和国民党矛盾激化，唯恐广东天下不乱。
于是，北京政.府于八月三十一日,正式命令李耀汉为广东省长兼肇阳罗镇守使。
在国民党来说，当时最重要的工作是召集非常国会，因此自不愿在省长问题上与桂系闹翻，宁愿拿省长来交换桂系对组府问题不加干涉。于是,胡汉民向省议会辞谢省长，举李耀汉为代，省议会乃举李为省长。
这期间，国会议员在孙中山邀请下已纷纷南下。八月中旬，国会议员到广东的已有一百三十余人，多数为国会中的政学会、益友社、民友社三系议员。
八月十八日孙中山在黄埔公园欢宴他们，席间大家决定贯彻护法主张，组织护法政.府。
十九日国会议员们发出通电云：“民国不幸，祸患频仍。倪逆称兵。国会被毁。张贼复辟，国体动摇。造乱之徒乘机窃政，托名讨贼，推翻《约法》，擅立政.府，易置总统。执法以绳，厥罪为均，又复叠逞狡谋，围湘窥蜀，输兵南下，其势骎骎，凭借北洋，压制全国，充类至尽之义，吾民宁有噍类之存？
“所幸诸公独持正义，兴师讨贼，信誓在人，救我黔黎，定兹国难，公等之责，吾民之望也！同人等或受国民之托，职务未终；今被国贼之驱，责任难弃；用依《约法》自集于粤。人数未满法定，本难遽行开会。惟念时局之危，间不容发，西南散处，意志辄殊，对外则冯、段宣战，我将何以处德、奥？对内则黄陂孤陷，我将何以设政.府？凡兹重要，亟待讨论。爰绎主权在民之则，师法人国变之例，特决定本月廿五日于广州开非常会议，以谋统一，以图应变。区区之意，如斯而已。”
《国会非常会议组织大纲》于民国六年八月二十九日在广州议决公布：
第一条：国会非常会议，以现任国务议员组织之。
第二条：国会非常会议之议事，以参众两院议员会合行之。
第三条：国会非常会议至内乱戡定，《临时约法》之效力完全恢复时为止。
第四条：国会非常会议非十四省以上之议员列席，不得开议。蒙古、西藏、青海、华侨各选区以省论。
第五条：国会非常会议之议事，以列席过半数议决之。
第六条：国会非常会议之正、副议长，就现任两院正、副议长内推定之，正、副议长均有事故时，得选举临时议长。
第七条：国会非常会议得设各委员会。
第八条：军政.府组织大纲，由国会非常会议制定，并宣布之。
第九条：国会非常会议于军政.府有交议事件，或由六省以上之议员联合提议时，得随时开会议决。人民请愿事件经委员会审查后，得提出议决之。
第十条：本大纲有议员四十人以上之连署，得提议修改，以列席议员三分之二以上议决之。
第十一条：本大纲自宣布之日施行。
八月三十一日非常国会通过《中华民国军政.府组织大纲》，并宣布如下：
第一条：中华民国为戡定叛乱，恢复《临时约法》特组织中华民国军政