八七三年被选为拔贡生；母亲岳氏为徐忠清之继室，其家族自称岳飞后裔。
徐树铮的外祖父岳封叔是个看相先生，因看中徐忠清有富贵之相而将女儿嫁给他。徐树铮从小生长在这样一个乡村知识分子的家庭环境中，自幼深受儒家熏陶，并且聪明伶俐，乡里争传他“七岁能诗”，誉为神童。
十三岁那年（1892年）考中秀才，四年后以岁试第一等第一名的成绩补廪生，可谓少年得志。
徐树铮文武双全，才华横溢，著有阐述他政治思想的《建国铨真》及文学作品《视昔轩文稿》《兜香阁诗集》《碧梦庵词》等。
公平地说，这徐树铮是有才气的，但这样年少得志的人很容易有一个毛病——目空一切，谁都不看在眼里。而徐树铮不但有这个毛病，而且要加个更字。不是一般的目中无人，简直是专横跋扈。
这种人并非有什么大毛病，但在人群中往往是最讨人嫌、最难与人相处。
说徐树铮目中无人吧，倒也不是，只不过他就服一个人，就是段祺瑞。别人他都不放在眼里，就是威风八面的袁世凯也不例外。
段祺瑞要任命徐树铮为国务院秘书长，虽然这用不着请示黎元洪，但是却又绕不开黎。因为按临时约法，徐的任命必须总统和国务员联署。
当时任总统府秘书长的张国淦为此请示黎元洪时，好脾气的黎元洪当时就火了，一个根本不拿他当回事的段祺瑞已经让他很难受了，再加上这么个国务院秘书长，不是要他命吗？当即表示，什么事都可以商量，用谁都可以，就是徐树铮不行，不行！绝对不行！
张国淦知道这件事非同小可，也知道黎元洪不同意不行，想劝黎元洪几句。
每一次不管什么事，黎元洪都能认真的听他说话，这一次黎元洪变了个人。
“不行，绝对不行，没有商量的余地，你这就去回复我们的段总.理。”
黎元洪根本不让张国淦说话。
张国淦做难了，这要是如实回复段祺瑞，这两个人肯定要即刻闹僵。琢磨了老半天，也没想出办法，只好去搬救兵，去找徐世昌。
徐世昌听了后，想都没想，对张国淦说：“请秘书长转告总统，什么事都可以不好商量，用谁都可以说不，只有这个小徐不行。如果大总统不想为一件小事搞得鸡犬不宁，就听我这旁观者一次。”
当张国淦把徐世昌的话转达给黎元洪时，黎元洪也已经冷静下来了，虽然不愿意，也只能咬着牙同意。
段祺瑞这一次是真的错了，他想怎么重用徐树铮都可以，就是不能让他当国务院秘书长。本来他和黎的关系就不好处，如果有一个会处事的常和总统打交道的秘书长，说不定能从中缓和矛盾，但是，两个人中间加上徐树铮这样的家伙，不是火上浇油吗？
段祺瑞并不是一个非常勤奋的总理，大小事务多委之于秘书长徐树铮，而徐又正愿意自作主张、越俎代庖。有这样一个恃才傲物的人物，常奔走于府院之间，可想而知，黎元洪会怎样的不好过。
有一次，徐树铮拿着一份委任状请黎元洪盖总统印，黎问起其人的履历，徐竟然回答道：“当今实行内阁制，总统您何必多问！我很忙，您还是快点盖印吧！”
黎十分愤怒，对左右说：“我本来不要做什么总统，你看他们眼中哪里有我！”
而段祺瑞对徐却每每纵容，有一次徐以辞职要挟黎元洪，段祺瑞竟为他说情，说他“为人耿介，不屑妄语”云云，甚至于说“凡徐所为，本人愿负其责。”黎元洪等听了，都觉寒心。因此，最初的府院之争，可以说与徐树铮关系极大。