南唐继尧是护国首义之人，又是实力派，由唐继尧为抚军长更合适些。这样，岑春煊便出任副抚军长。
军务院设于肇庆，唐继尧远在昆明，便由岑春煊以副抚军长代理抚军长。并推刘显世、陆荣廷、龙济光、梁启超、蔡锷、李烈钧、陈炳焜为抚军。
抚军资格规定为独立各省都督及军长以上的实力派，梁启超则是特殊的例外，是实力派以外的人。因为是倒袁的首创者，又是护国精神领袖蔡锷的老师，所以他很自然地成为军务院中的政.务委员会委.员.长。
军务.院直隶大总统，这里所谓的大总统当然不是袁世凯。大总统不能施行职务时，由军务院代行，军务院置各省代表会，由各省都督派代表二人列席。以唐绍仪为外交代表，王宠惠和温宗尧为副代表。
唐继尧遥任抚军长后，通电中外，略谓：“迫于时艰，勉膺重任，谨掬血诚，誓以公心效忠国事，一俟大难削平，即当退避贤路。”
蔡锷是反对设立军务院的，当五月初旬两广筹组军.务院时征求滇、黔意见，蔡即复电认为目前只须迫袁退位，而由段祺瑞出面主持。“不宜组.织政.府，致招争权夺利之嫌，而启南北分裂之渐”。
蔡锷的想法和当年朱元璋“缓称王”的思想是相通的。是想明白的告诉世人，他们大家挺身而出反对袁氏称帝，是为了捍卫共和，为了护国，而不是为争权夺利。
军务.院成立后，发表第一号宣言：
“中华民国大总统领海陆军大元帅一职，依法应由副总统黎公继任，已由本军政.府宣言在案。但黎公今方陷贼围，未克躬亲职务。查《大总统选举法》第五条第二项云：大总统因故不能执行职务时，以副总统代理之。副总统同时缺位，由国,务.院摄行其职。今大总统身体蒙难，副总统职尚虚悬，国.务.院又非俟大总统任命，经国会同意后，不能组织。
“而军事正亟，既当求统一之方，至国运方新，尤宜作通筹之计。今由继尧等往复电商，特暂设一军.务院，直隶大总统，指挥全国军事，筹办善后。军务院置抚军若干人，用合议制裁决庶政。其对外交涉，对内命令，皆由本院名义行之。俟国.务.院成立时，本院即当裁撤。除将军务.院组织条例别行公布外，特此布告中外，咸使闻知。”
军.务.院各首领就任宣言：
“北京黎大总统，云南、贵州、南宁、广州、杭州都督府，泸州护国军第一军总司令部、南宁护国军第二军总司令部及护国军各地前敌总司令，各省将军、巡按使、巡阅使、镇守使，各师旅长，各道尹县知事，暨两广各团体、各报馆公鉴：
“护国军军政.府宣言如下：本军政.府设置军务.院，权理军国重事，业经宣言，并将组织条例公布在案。今于五月八日组织军务.院成立，遵照条例，以继尧、显世、荣廷、济光、春煊、启超、锷、烈钧、炳焜等任军务院抚军，并往复通电，互选继尧为抚军长，春煊为抚军副长，启超领政务委员长，暂定广东为军务院所在地。
“继尧因云南地方职守未能远离，依条例第四条第二项由春煊摄行抚军长职权。继尧等菲德庸才，迫于时艰，勉肩生任，谨掬血诚，誓以公心效忠国事。一俟大难削平，即当退避贤路，皇天后土，实鉴斯言。为此布告中外，咸使闻知。再，浙江都督吕公望，遵依条例应任抚军，因交通阻梗，电商未复，除专电敦请加入外，合并声明。云南都督唐继尧、贵州都督刘显世、广西都督六荣廷、广东都督龙济光，两广护国军都司令岑春煊、两广护国军都参谋梁启超、护国军第一军总司令蔡锷、护国军第二军总司令李烈钧、广西护国都督陈炳焜。青。印。”
护国军军务院的成立，表示护国倒袁有了统一的领导和协调机构。