受到推荐，于一九零一年正月十五日奉旨赶往西安，经选拔后被任命为军机大臣。
此后，瞿鸿禨出任工部尚书、军机大臣、政务处大臣。后来总理各国事务衙门改为外务部，位在六部之上，他任外务部尚书。因为官清廉，作事认真，勇于担当，在朝堂威信极高，深受慈禧太后信赖。
袁世凯其实是很钦佩翟鸿穖的，曾经努力结交过。开始曾放下身段，示意愿意成为翟鸿穖的门生。
翟鸿穖以“受宠若惊，万不可当”而推却。继而又托人询问可否换贴，又被翟鸿穖宛然谢绝。
就是这样，袁世凯还是想和翟鸿穖搞好关系，提出设立责任内阁时，想以奕劻为总.理，他和翟鸿穖为付总.理，共同組阁。
想不到翟鸿穖竟以此到慈禧太后那里奏他一本，说他野心特别大，想通过设立责任内阁，把組阁权紧紧抓到手里，最终导致自己费尽心力搞出来的官制改革方案流产。
一次次的热脸贴冷屁股，袁世凯还是不死心，后来听别人说，翟鸿穖根本就没把他这样的没功名的人看在眼中，根本不屑于和他这样的人为伍。
这还不算，翟鸿穖还公然对外宣称：贪婪昏庸的奕劻和骄横跋扈的袁世凯结党营私，他这样清白之人怎么能和袁世凯之流同流合污呢？
终于惹得袁世凯恼羞成怒。
当袁世凯得知这一次对自己和奕劻下手是翟鸿穖一手策动后，下决心除之而后快。
按着袁世凯的战略安排，奕劻按部就班的开始行动。
他们的第一步是对付岑春煊。
在奕劻、袁世凯策动下，两广总督周馥、闽浙总督松寿接踵电奏饶平、黄冈、钦廉等地匪患难平。
五月二十七日，奕劻向慈禧“独对”，极力夸大两广军情，声称非岑春煊不能平定，提出让岑春煊重任两广总督。
苓春煊刚来时，慈禧是怎么看怎么喜欢，觉得这朝廷还真就缺这么个六亲不认，铁面无私的人。
但是，这还没多长时间，慈禧就有些烦了。
这人怎么回事？怎么看谁都不顺眼，今天参这个，明天参那个，这世界没好人了，就你苓春煊一个好人吗？
慈禧给了个特权准其随时入见，他亦不推辞。不管不顾地屡屡求见或上奏疏，放言无忌，使朝野频生波澜。
最让慈禧不高兴的是，就在前天，他还密奏李莲英一本。
当然了，李莲英要是有毛病，也不是不能奏本的。但什么毛病没有，就是“和袁世凯关系不一般”。“和袁世凯关系不一般”，这算什么毛病？
小李子，一个下人，能得罪袁世凯那样的封疆大吏吗？和袁世凯走得近一些，不是情理之中的事吗？
所以，听了奕劻的话后，一方面觉得奕劻的提议有道理，两广本来是苓春煊的地盘。另一方面，也真想把苓春煊快点弄走，让自己的耳根清净一点。
马上下旨，苓春煊任二江总督，免去他还没干满一个月的尚书职务。